国家自然科学基金是资助我国基础研究的重要渠道,同行评议是科学界对科研项目进行评审和对科研成果进行评估的一种基本方法,而高质量的同行评议是保证遴选出高水平科学基金项目的重要前提。立项阶段的同行评议质量,影响着科研基金的配置方向及研究质量,并最终对科学基金资助效果产生影响。本文以国家自然科学基金项目立项环节中的同行评议质量控制问题为研究对象,运用科学共同体、委托代理和程序正义等上述的理论,对影响同行评议质量的关键性要素的原因进行深入分析,采用问卷调查、深度访谈和实证分析法,对其立项阶段同行评议的质量控制进行研究。本文研究重点内容包括：(1)概念界定与问题揭示。界定同行评议、质量控制等核心概念,以实证调研、数据统计等方法描述目前我国自然科学基金立项阶段同行评议的流程、已有的质量控制措施,存在的主要问题。(2)对比研究及经验借鉴。通过对与我国自然科学基金机构功能类似、同行评议体系相对成熟的几个典型国家的比较分析,提炼出若干可借鉴的核心要素,为反思我国同行评议质量控制的现行问题提供视角,并为本研究同行评议指标体系的建构提供借鉴。(3)在文献梳理、深度访谈、问卷调查和国外经验借鉴的基础上,确立我国同行评议质量准则,构建同行评议质量指标体系。(4)对建立的质量指标体系进行实证检验。运用logistic模型对同行评议质量控制体系进行分析,得到影响同行评议质量因素的次序和程度,并确定影响同行评议质量的关键性要素；运用科学共同体、委托代理和程序正义等理论,对影响同行评议质量的关键性要素的原因进行深入分析；对国家自然科学基金委提出改进的对策和建议。