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目的研究分析胃肠间质瘤相关基因KIT、PDGFRA和DOG1突变的情况,探讨其在胃肠间质瘤发病机制中的意义。探讨性研究临床特点、病理特征和基因突变等因素对胃肠间质瘤患者预后的影响。方法1.病例资料:收集100例来源于广西医科大学第一附属医院2002年5月至2013年5月收治的胃肠间质瘤病例的临床病理资料。2.标本采集:采集100例胃肠间质瘤患者肿瘤的石蜡包埋组织标本和新鲜标本。3. DNA提取:提取以上石蜡包埋组织标本和新鲜肿瘤标本的DNA。4.通过GenBank检索出KIT,PDGFRA,DOG1三个基因的全部序列以及外显子。5.针对KIT,PDGFRA,DOG1三个基因的全部外显子片段进行引物设计,其中KIT21个外显子,PDGFRA22个外显子,DOG126个外显子。6.聚合酶链式反应扩增出KIT,PDGFRA,DOG1三个基因的全部外显子片段。7.对扩增出的KIT,PDGFRA,DOG1基因全部外显子片段进行直接测序。8.测序结果与NCBI基因库中KIT、PDGFRA和DOG1基因序列进行比对找出突变的位点及突变类型。9.随访GIST患者的生存资料并分析其临床表现及病理特征。10.统计学分析:全部资料使用SPSS17.0软件进行统计分析。生存率统计采用Kaplan-Meier法,生存率比较用log-rank检验,单因素分析采用Kaplan-Meier法以及多因素分析采用Cox回归分析, P<0.05差异有统计学意义。结果测序结果与GenBank上的序列进行比较后显示:100例GIST中KIT基因突变75例,突变率为75.0%。其中突变发生在第11外显子59例(占全部GIST病例的59.0%),发生在第9外显子11例(11.0%),发生在第13外显子3例(3.0%),发生在第17外显子突变2例(2.0%)。其中杂合突变65例(占KIT基因突变的86.7%),纯合突变10例(13.3%)。突变的形式包括缺失突变51例(占KIT基因突变的68.0%),点突变18例(24.0%),插入突变7例(9.3%),其中有一例缺失性突变与插入性突变共存。第11外显子突变的位点集中在密码子550~570位的44例占全部第11外显子突变的74.6%,此区间被称为“热点区域”。在第11外显子突变中,缺失性突变(51例)是最常见的突变形式,其次是点突变(8例),插入突变(1例)与缺失性突变共同存在。在第9外显子突变中最常见的就是密码子502和503位6个核苷酸GCCTAT重复插入突变(6例);余下5例均为点突变。外显子13突变3例和外显子17突变2例都是点突变。本组100例胃肠间质瘤中检测出PDGFRA基因突变16例(16.0%),其中第18号外显子突变8例(占全部GIST病例的8.0%);第12号外显子突变5例(5.0%);第14号外显子突变1例(1.0%);第11号外显子突变1例(1.0%);第8号外显子突变1例(1.0%)。PDGFRA基因最常见的突变位点发生在第18外显子的842密码子为5例,其中D842V有4例。在第18外显子突变中,包括5例点突变,2例缺失性突变和1例插入性突变。在第12外显子突变中,包括4例点突变和1例插入性突变。第8外显子突变的位点在密码子392位,导致由原来的酪氨酸变成丝氨酸。第11外显子突变的位点在密码子521位,导致由原来的亮氨酸变成脯氨酸。第14外显子突变的位点在密码子632位,导致由原来的苏氨酸变成赖氨酸。本组100例胃肠间质瘤中,检测出DOG1蛋白阳性94例,没有检测出DOG1基因突变。本组100例胃肠间质瘤中,91例检测到KIT或PDGFRA基因有一种基因突变,其中有9例(9.0%)没有检测到发生KIT或PDGFRA基因突变,属于野生型。本组100例胃肠间质瘤患者5年生存率为58.8%。单因素分析发现,原发部位、大小、有无转移、有无根治性切除、细胞学类型、有无侵犯周围组织、有无平滑肌受侵犯、核分裂象数目、有无KIT基因11外显子缺失性突变和有无接受靶向治疗(甲磺酸伊马替尼)等因素对患者的生存率的影响有统计学意义。进一步通过Cox回归分析对上述因素进行多因素分析。结果提示肿瘤大小、有无转移、有无根治性切除、有无侵犯周围组织、核分裂象数目、有无KIT基因11外显子缺失性突变和有无接受靶向治疗(甲磺酸伊马替尼)是影响患者预后的独立因素。结论1. KIT和PDGFRA基因突变在胃肠间质瘤的发生发展中可能起重要作用。2. KIT的突变和PDGFRA的突变不会相互重叠。它们通过不同的作用位点,激活相同细胞信号途径导致GIST的发生。3.本文首次报道了KIT,PDGFRA,DOG1三个基因全序列检测结果,KIT基因突变只在第11、9、13、17外显子上被观察到,其他外显子未见突变;首次发现PDGFRA基因突变可以发生在第8和11外显子上。4. DOG1蛋白高表达于胃肠间质瘤的机制与DOG1基因突变无关。DOG1蛋白只是GIST的一种偶然标志物,与酪氨酸激酶和信号传导系统无关,其产生机制有待进一步研究。5. GIST的肿瘤大小、有无转移、有无根治性切除、有无侵犯周围组织、核分裂象数目、有无KIT基因11外显子缺失性突变和有无接受靶向治疗(甲磺酸伊马替尼)影响预后的独立因素。6.早期诊断和以手术为主、辅以甲磺酸伊马替尼靶向治疗的综合治疗能够提高GIST患者的生存率。