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本研究以259只郓城小尾寒羊为研究对象，利用DNA混合池测序方法和直接测序技术检测小尾寒羊脂联素基因(ADPN)的内含子2和外显子3、3′UTR区多态性及类胰岛素生长因子1(IGF1)基因5′UTR和外显子2和内含子2多态性；用CodoncodeAligner4.0对测序结果判别纯合子和杂合子情况；使用SHEsis软件分析基因的连锁不平衡状态；用Popgen3.2软件统计基因突变位点的遗传多态性；用Molkin3.0计算基因型频率和群体多态信息含量(PIC)值等值；用SAS9.0软件分析基因多态性与繁殖性状、体尺体型指数、血液理化性状间的关联效应。结果表明：(1)所研究群体中，在ADPN基因内含子2和外显子3部分序列中共检测到6个SNPs，即10436位的G/A、10454位的A/G、10660位的T/C、10677位的C/T、10732位的C/T和10753位的C/T，均处于H-W平衡状态(P>0.05)，经过连锁不平衡分析发现10436位与10660位处于完全连锁状态，10677位与10753位处于完全连锁状态；在IGF1基因外显子2及内含子2检测到2个SNPs，即4908C/T、4988G/A，其等位基因和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。（2）在与产羔数关联分析中，ADPN基因的10454位点突变对第四胎产羔数影响达到显著（P<0.05）水平；IGF1基因中，4908位点的CT基因型个体第三胎产羔数极显著（P<0.01）多于CC基因型个体，存在极显著的等位基因替代效应(P<0.01)；4988位点上等位基因A为校正产羔数的有利等位基因。（3）在与体尺、体型指数关联分析中，ADPN基因各位点上年龄效应对性状影响除管围外均达到显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)水平，基因型和互作效应对性状影响均不显著；IGF1基因两个位点上年龄对性状的影响除管围外均达到显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)水平，基因型效应不显著，4988位点互作效应对十字部高、体高和体长指数影响达到极显著水平(P<0.01)；IGF1基因4988位点突变对2岁羊群体十字部高和体高影响达到显著(P<0.05)水平。等位基因A对1岁羊群体的体长指数具有负效应。（4）在与血液理化指标关联分析中，ADPN基因六个突变位点对不同年龄段小尾寒羊碱性磷酸酶产生显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)影响；10732位点突变对甘油三酯5岁羊和全群影响也达到极显著(P<0.01)水平。IGF1基因4908位点突变对碱性磷酸酶和总胆固醇以及血红蛋白含量产生显著(P<0.05)或者极显著(P<0.01)的影响。（5）ADPN基因的单倍型效应及其交互作用对部分体尺体型指数、血液理化性状产生显著或者极显著影响；IGF1基因的单倍型效应及其交互作用对血液理化性状产生影响。（6）ADPN与IGF1基因间交互作用对产羔数、部分体尺性状和生理生化部分性状产生影响。本研发现ADPN基因与产羔数和血液理化性质相关，IGF1基因与小尾寒羊产羔数和体尺、血液理化性质有显著关联效应，可以作为小尾寒羊生产性状的分子标记；ADPN和IGF1基因间存在交互作用，构建的优势复合基因型有利于加速育种工作进程。