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水禽细小病毒包括鹅细小病毒(Goose parvovirus,GPV)和番鸭细小病毒(Muscovy duck parvovirus,MDPV),是引起水禽细小病毒病的两种重要病原,这两种病毒主要感染雏鹅和雏番鸭,具有较高发病率和死亡率,严重制约水禽业发展。这两者在病原学、流行病学、临床症状等方面极其相似,血清抗体也存在一定的交叉保护性,常规的血清学诊断方法不能将两者区分,这对两者的鉴别诊断带来很大困难。本研究于2014年1月至2016年9月份期间对我国南方5个省份部分鸭场进行水禽细小病毒的流行病学调查,并通过建立特异的PCR诊断方法对临床病例进行确诊。统计结果表明,MDPV疫情多发于冬春季节,自2016年以来,GPV疫情呈爆发式增长,在调查的鸭场中福建区域疫情最为严重。动物回归试验表明,GPV和MDPV的临床症状及病理变化相似,GPV较MDPV攻毒后发病早、病程急。本研究根据GenBank上的水禽细小病毒株的全基因序列,共分别设计了6对引物扩增水禽细小病毒基因组的ITR区和编码区,通过改进全基因克隆方法,共获得11株水禽细小病毒全基因序列。与参考毒株序列进行ITR及编码区的序列比对及遗传进化分析。结果表明:1)新分离毒株可分为3个分支:经典MDPV分支、SAAS-SHNH新型MDPV分支和GPV分支;2)新分离毒株LHX以及鹅细小病毒疫苗株YM的基因组发生了MDPV与GPV的重组,重组主要发生在VP3片段;3)在同一分支毒株之间的同源性,VP3>VP1>NS1,而对于不同分支的毒株之间的同源性,NS1>VP1>VP3;4)鹅细小病毒疫苗株SYG50、YM株和新分离毒株LHX在80~110位有连续碱基缺失,番鸭细小病毒疫苗DHN、M株和新分离毒株YFL、WZQ缺失第110~140位碱基,这些变异是否是疫苗株之间的共性变异,以及新分离毒株是否与疫苗株发生重组,需要进一步研究确定;5)2015年分离毒株MSY、WZH和DQF株与经典MDPV分支的代表毒株相似性极高;而2016年新分离毒株YFL、LHX和WZQ株,出现了许多与SAAS-SHNH分支及GPV分支相似的变异,说明番鸭上GPV和MDPV之间发生重组的变异越来越常见。本研究利用原核表达的MDPV-VP3蛋白为免疫原免疫小鼠,获得2株分泌抗MDPV-VP3蛋白的阳性杂交瘤细胞株,分别命名为2G1和2G5。亚类鉴定结果显示,两株单抗均为IgG1亚类。Westernblot及间接免疫荧光结果显示,2株单抗均能与天然MDPV结合。本研究利用原核表达的MDPV-VP3蛋白为包被抗原,建立能检测血清中MDPV的IgG抗体的间接ELISA方法。该方法对MDPV抗体特异性强,与GPV的阳性血清无交叉反应,重复性好,临床样品检测符合率高、应用前景广。