科技创新已然成为各国提高综合实力和竞争力的必然要求。自党的十八大提出了实施创新驱动力发展战略以来,我国就加快了对科技体制的改革。地方科研机构作为科技体系中的一员,不可避免地加入到了改革的大潮流中。本文研究的对象就是经过改革后并入高校的地方科研机构,从该种科研院所现行的绩效管理现状出发,最后落脚在优化绩效管理体系上。本研究通过对个案——云南省W学院的S研究院的分析,得出了这种新型的地方院校科研机构的绩效管理体系还处于探索中,其绩效管理体系存在着绩效目标不够明确;员工参与程度不高;绩效考核指标构成上对外部利益相关者的重视度不够;绩效考核目的过于重视奖惩;缺乏战略目标引导等问题。针对这些问题分析其原因,提出了首先利用SWOT方法制定出发展战略,根据发展战略的需求对绩效管理体系进行优化;其次引入了BSC模型对绩效考核体系进行优化;再次从构建绩效管理文化、完善培训体系、确保上下级沟通渠道的畅通、开辟多种科研成果转化的渠道、完善自主创收的管理制度五个方面来优化绩效管理保障机制。地方科研机构并入高校后的绩效管理是一项复杂的工作,需要根据学校、研究院的动态变化来随时进行调整,期望本文的研究能对现实中并入高校的科研机构开展绩效管理工作具有借鉴的作用。