随着中国与东盟各国的合作步入“钻石十年”,原有的自贸区协议部分内容已不能适应当前中国与东盟各国的合作发展,中国—东盟自由贸易区(CAFTA)亟待升级,加强中国—东盟产业合作则是一个推进自贸区升级的良好切入点。本文分析了中国一东盟自贸区框架下中国与东盟各方在三大产业方面的合作现状,指出了现阶段中国—东盟产业合作仍存在中国与东盟产业结构类似、双边投资比重仍然较低、中国—东盟自贸区的内部凝聚力有待加强等问题。本文认为打造中国—东盟自贸区“升级版”将促使中国与东盟各国更加重视产业结构调整与升级对于本国经济发展的促进作用,同时推动区域内产业结构的优化；未来一段时期内中国—东盟的农业合作将随着更广泛的零关税覆盖而获得发展,产业园区将发挥更大作用,服务贸易将迎来新的快速发展时期。通过借鉴欧盟与北美自贸区等国际上较为成熟的区域产业合作经验,并以综合优势战略理论为工具,本文从发挥外生比较优势、巩固内生比较优势以及提高交易效率三个方面对深化中国—东盟产业合作,助推中国—东盟自贸区升级提出了相关建议并具体落实到了政府、行业以及企业三个层面。政府层面应结合“中国制造2025”等战略优化区域产业结构、结合亚投行加强区域内基础设施建设、提高交易效率及便利化程度、完善合作机制、发挥产业园区等多层次合作平台作用；行业商会层面应积极发挥探索作用、充分发挥桥梁纽带作用、加强对中小企业经营活动的指导与牵线搭桥；企业层面应扩大自贸区内投资、加强对自贸区升级的了解、利用“互联网+”积极发展电子商务,从而在多方面共同促进中国与东盟国家的产业合作不断深化,助推中国—东盟自贸区的升级。