2000、2001年调查结果显示，密云水库初级生产力主要决定于浮游植物的群落结构和细胞密度，营养特征为浮游植物响应型，浮游植物的群落结构为绿藻(51.6％)一硅藻(28.7％)型。蓝藻门、甲藻门、金藻门、隐藻门、黄藻门分别占6.1％、6.04％、3.27％、2.83％、0.95％。在观察到的浮游藻类中，中营养型指示种占优势，如角甲藻、脆杆藻、鼓藻等，但也出现了一些富营养型指示种，如栅藻、小球藻、微囊藻、针杆藻等。 从2000、2001年两年的细胞密度分层比较结果可以看出，密云水库水体中浮游植物群落的垂直分布现象比较明显，随着水深度的增加，浮游植物细胞密度相应递减，表层高于中层，中层高于底层。密云水库的浮游植物细胞密度在逐年增加。 Chla含量随季节和水深度而变化。在密云水库，4、6、8、10月份chla含量逐渐增加，并随水深的增加而减少。2001年chla含量高于往年。 pH、透明度(SD)、总氮(TN)、总磷(TP)、生化需氧量(BOD)、化学需氧量(COD)、叶绿素a(chla)的营养状态指数综合评价表明，密云水库水体为中营养型，并且出现了向富营养发展的趋势。 AGP实验证明，磷含量的多寡，明显影响到水体中浮游藻类的生长繁殖。当磷含量达到0.065mg／L时，可引起藻类大量繁殖。密云水库水体中的磷含量的多少直接影响到水体富营养化的进程，密云水库水体为磷控型。 许多因素在制约着密云水库的水质，主要有点污染源、面污染源和内源污染。内污染源主要是底积物、网箱养鱼和内湖。 北京市紧缺的淡水资源在严重制约着人民生活、经济发展和2008年奥运会的举办，为保护水质，涵养水源，实现密云水库有限水资源的可持续利用，应当政府重视、社会各界、京内京外共同努力治理点污染源，控制、削减面污染源和内污染源，调整流域经济结构，扩大生态农业，逐步实现流域生态系统的良性循环。