骨骼肌分为快肌和慢肌2种肌纤维类型,这2种肌纤维类型在结构和功能上有很大的差异。本试验利用Affymetrix公司的编号为AFF-900623的猪基因组mRNA表达谱芯片检测快肌(背最长肌)和慢肌(比目鱼肌)2种极端类型肌肉中基因的差异表达,希望以此来更深入的了解导致肌纤维类型差异的分子机制。AFF-900623芯片：包含23937个探针组,可以检测在猪中表达的20201个基因。分别取3头5月龄梅山母猪的背最长肌和比目鱼肌,即3个生物学重复共6个肌肉组织样品。分别用3个背最长肌和3个比目鱼肌的总cDNA与6个芯片杂交,然后用Genespring10.0软件分析芯片杂交数据。结果显示：在背最长肌和比目鱼肌中差异表达倍数(fold change)大于1.5倍,p<0.05的差异基因共有550个。其中,在比目鱼中上调表达的基因较多,共323个,在背最长肌中上调表达的基因较少,共227个。在背最长肌和比目鱼肌中差异表达倍数(fold change)大于2倍,p<0.05的差异基因共有159个。其中,在比目鱼中上调表达的基因共107个,在背最长肌中上调表达的基因共52个。利用荧光实时定量PCR(Q RT-PCR)对其中的12个基因(a-Actin、ART3、FHL1C、GATA-6、HMOX1、HSP、MYBPH、OCA2、SLC12A4、TGFβ1、TGFβ3和TNX)进行了验证,证实12个基因在芯片结果和Q RT-PCR结果中的表达趋势是完全一致的,2种结果的相关性是显著的,说明芯片的结果是可信的。利用MAS 3.0对550个差异表达基因进行了信号通路、GO、基因相互关系和转录因子分析,这些分析结果为以后的差异表达基因功能研究奠定了基础。