本文在现有研究的基础上，提出了研究合作研发的组织模式和治理机制的新视角——模块化运作，一方面是因为组织模式决定组织绩效，合适的组织模式会对合作研发组织绩效产生明显的促进作用；另一方面是因为以模块化运作为基础的合作研发组织模式已经出现在很多行业，并对组织研发绩效和产业结构等带来了深远的影响。 在分析模块化运作的合作研发组织模式时，本文先是交代了有关模块化的理论背景，之后以汽车工业的实际运作为案例进行实证研究。研究揭示出模块化运作模式比之其他组织模式的特点、优势、关键问题以及对市场行为的影响等。模块化运作通过把技术的要素分解(模块化)，集中力量设计、制造特定的模块，同时与外部企业开展大胆的合作，灵活地运用其他企业的资源。这种“开放式结构(设计思想)极大地推动了技术创新的速度，缩短技术创新的周期。模块化运作所具备的优势和特点决定了模块化已经成为企业合作研发的一种重要组织模式。 本文的第二个核心内容就是分析了模块化对产业结构的重大影响。模块化基础上的产业融合能够降低市场集中度，削弱行业领导者的控制力，使原来纵向一体化的市场结构逐渐转为横向或立体簇群式的市场结构，带来了以合作竞争、标准竞争和“背对背”竞争为主要特征的市场行为。本文提出了基于模块化运作的三种组织模式：一体化企业的组织模式、核心企业协调下的网络组织模式、模块集群化的网络组织模式，并对比分析了这三种组织模式的效率，还分析了模块化抗产业集群内生性风险的内生性机理和制度特征。这些分析和当前世界范围内产业集群和中小企业集群的蓬勃发展相吻合。