鲆鲽鱼类,俗称比目鱼,身体扁平,多在近海海底营底栖生活,由于其拥有性情温顺,营养级低,活动范围小等特点,已经成为了重要的工厂化养殖鱼类。如半滑舌鳎、牙鲆等鲆鲽鱼类,在我国沿海均有广泛的养殖。在鲆鲽鱼类养殖过程中经常会出现的畸形和病害频发问题,严重制约了鲆鲽鱼类养殖业的发展。本论文通过分子育种方法,以半滑舌鳎和牙鲆为研究对象,对其外形和抗病力性状进行研究,以期为鲆鲽鱼类养殖业的健康发展提供理论基础和技术支持。1.半滑舌鳎白化相关基因座定位及分析选用半滑舌鳎白化家系,根据已有结果,将检测到白化相关基因座的半滑舌鳎15、17和21三个连锁群加密,构建出适用于基因座定位的微卫星遗传连锁群,以白化率和白化/正常两种表型性状,定位到18个白化相关基因座,包含2407个基因,其中tyrosinase related protein(tyrp2),是在哺乳动物中与白化相关的重要基因。进一步通过GO富集和KEGG分析,发现35个GO term和14个通路与白化相关。以上结果为半滑舌鳎白化现象的深入研究提供了基础。2.半滑舌鳎眼睛偏转相关基因座定位、分析及候选基因验证选用半滑舌鳎眼睛偏转异常的特殊家系为实验材料,进行眼睛偏转相关基因座定位,发现一个与之相关的位点,通过与变态过程紧密联系的白化作为表型,结合半滑舌鳎和牙鲆家系材料,定位到一个与半滑舌鳎变态相关的两种表型的基因座重合的位点,进而验证了定位到变态相关基因座的准确性。取连锁分析和单标记分析两种方法的交集,从该基因座中筛选到一个基因rps6kb2,推测其在半滑舌鳎和牙鲆的变态中起作用。通过基因组信息结合克隆得到半滑舌鳎和牙鲆rps6kb2基因的全长,构建进化树进行分析,发现半滑舌鳎和牙鲆聚为一类,与其他硬骨鱼类相距较远。选取变态前后的半滑舌鳎和牙鲆仔鱼,通过荧光定量PCR检测rps6kb2的表达,发现其在变态过程中出现上调。同时进行半滑舌鳎变态过程中各时期样品的整体原位杂交,发现变态过程中,在颅骨、内脏、皮肤等处可以检测到rps6kb2信号,并且以变态高峰期信号分布最广。初步阐明了该基因在鲆鲽鱼类变态过程中的作用。3.牙鲆抗迟缓爱德华氏菌病的基因组选择采集2013-2015三年牙鲆家系迟缓爱德华氏菌感染实验样品,根据各家系的存活率和死亡个体的分布,选取一组可以代表感染实验结果的牙鲆样品,构建基因组选择的参考群体,同时选取2015年牙鲆家系的亲鱼作为候选群体,进行全基因组重测序以获得基因型信息,结合参考群体在感染实验中的表现为表型,通过BayesC ππ算法,进行基因组选择的计算,得到每个SNP位点效应值,根据候选群体的基因型,对各位点效应进行加和,计算出候选群体的基因组估计育种值。对参考群体基因组估计育种值和实际表型进行皮尔逊相关性比较,其相关系数为0.81,证明使用Bayes Cπ算法进行基因组选择的可行性,通过交叉验证,证明基因组选择计算结果的可重复性,同时对候选群体基因组估计育种值和其子代感染存活率进行相关性分析,得到父本相关系数为0.65,母本相关系数为0.73。抗病力强家系的父母本基因组估计育种值均值明显高于候选群体均值,该结果为牙鲆抗病高产新品种“鲆优2号”的培育提供了指导。通过牙鲆抗迟缓爱德华氏菌基因组选择技术的建立和应用,也为鲆鲽鱼类抗病育种提供了新的技术手段。4.半滑舌鳎抗哈维氏弧菌病基因组选择以2014年建立的107个感染哈维氏弧菌的半滑舌鳎家系为材料构建参考群体,进行基因组DNA的提取和全基因组重测序,根据测序结果和参考群体的具体表型,通过Bayes Cπ算法进行基因组选择的计算,所得基因组估计育种值与参考群体表型相关系数为0.89,通过交叉验证,证明Bayes Cπ算法的稳定性与可重复性。选取参考群体中基因组估计育种值较高的家系的雄鱼,作为亲鱼,建立部分2015年半滑舌鳎家系并作为基因组选择的候选群体,根据参考群体计算结果,计算候选群体的基因组估计育种值。将2015年半滑舌鳎家系分为基因组选择父本和普通父本组进行比较,基因组选择父本组的感染存活率和养殖存活率分别比普通父本组高24.6%和17.0%,有效提高了半滑舌鳎养殖群体抗哈维氏弧菌病的能力。