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目的:应用高通量长链非编码RNA(lncRNA)芯片初步筛选头颈鳞癌SCCⅦ细胞株放射前后差异表达的lncRNA,并对其通过生物信息学分析差异表达lncRNA及其靶基因,为寻找靶向调控DNA-DSB修复的lncRNA提供前期基础。 方法:分别提取SCCⅦ细胞株放疗前后的RNA,体外逆转录制备并标记为双链 cDNA(ds-cDNA),与含有33231条lncRNA的芯片进行杂交,筛选差异表达的lncRNA,利用CIS法和Trans法筛选靶基因,借助DAVID分析软件中的KEGG分析等方法挖掘数据,找到相关通路,得到预测目标lncRNA。 结果:筛选出SCCⅦ细胞株中差异表达的lncRNA共1280条,其中在肿瘤组织中高表达的lncRNA共885条,低表达的lncRNA共395条(变化>2倍)。通过KEGG信息分析认为:lncRNA对应的靶基因富集于3条通路“肿瘤相关通路(Pathways in cancer)”、"Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)"和“轴突导向通路(Axon guidance)”信号通路(q<0.05)。 结论:①细胞株放疗前后存在lncRNA的表达差异,并由此建立头颈鳞癌放疗相关lncRNA表达谱。②PRKCA,STAT5B很可能是控制头颈鳞癌放疗反应敏感性的标志物,因此考虑与之对应的两个lncRNA:SEQ—ID为16203-3和SEQ-ID为31238-3,也可能作为控制头颈鳞癌放疗反应敏感性的标志lncRNA。③综合信息学分析得到了数个可能的富集生物过程和富集通路,如“Wnt信号通路(Wnt signaling pathway)”,其通路上的靶基因和对应的lncRNA发生了表达上的差异变化。故上述lncRNA和基因对此放射过程存在敏感性,为我们后续的研究提供了研究的方向和依据。