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辣椒(Capsicum spp.)为茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)的一年生或多年生草本植物。辣椒资源搜集和遗传多样性研究对辣椒育种工作具有重要意义。国内辣椒种质资源与国外资源遗传差异较大、亲缘关系较远,引入国外种质后可丰富遗传背景、扩大资源储备,为辣椒遗传育种打下坚实基础。本试验从国外引进30份辣椒种质材料,结合形态学标记、ISSR(inter-simple sequence repeat)分子标记和MSAP(methylation sensitive amplification polymorphism)标记三种方法,分析其遗传和表观遗传多样性,为辣椒种质收集、遗传研究与育种实践提供了优异材料和理论参考。具体研究内容和获得的结果如下:1、利用39个表型性状,采用变异系数、多样性指数和聚类分析等方法,对国外引进的30份辣椒种质资源进行了遗传多样性分析。结果表明:国外引进辣椒种质39个表型性状的平均变异系数为42.14%;基于39个表型性状,在欧氏距离为13.75时,可以把30份辣椒材料分成三个类群,第Ⅰ类群包括8个材料,第Ⅱ类群包括10个材料,第Ⅲ类群包括12个材料。30份国外引进的辣椒种质资源表型性状的变异程度和多样性指数较高,具有丰富的变异程度和多样性。2、利用ISSR标记对30份国外引进的辣椒种质资源进行遗传多样性研究。从96条ISSR引物中筛选出8条多态性引物对30份辣椒材料进行ISSR-PCR的扩增,共扩增1781条带,多态性条带数为1389条,多态性比率为77.99%。用NTSYS-pc2.10统计软件的UPGMA法对30份国外引进的辣椒种质材料的ISSR扩增结果进行聚类,在遗传相似系数GS=0.724(L1)处,可以将30份辣椒种质材料分为三大类;第一大类共19份辣椒材料,第二大类共10份辣椒种质资源,第三大类:只有编号为167的一份辣椒资源。主坐标分析与聚类分析结果大体一致,交叉分类结果更为直观。3、利用MSAP技术对30份国外引进辣椒资源的DNA甲基化多样性研究。从63对MSAP引物中,筛选出9对重复性较好和条带清晰的引物,对30份国外引进的辣椒材料基因组DNA进行MSAP扩增。DNA甲基化模式分析表明,辣椒甲基化模式主要以全甲基化为主;但是本研究MSP(Methylation-sensitive polymorphisms)聚类和MISP(Methylation-insensitive polymorphisms)聚类均比较离散,相关主坐标分析与其聚类分析结果基本一致,DNA甲基化研究并没有将一年生辣椒聚为一个类群,由此表明,辣椒表观遗传变异相对于基因组遗传变异更为丰富。4、通过对形态学性状和ISSR分子标记进行的遗传多样性分析表明,这两种分析方法基本上能把一年生辣椒聚为同一类,而DNA甲基化分析时采用MSP聚类和MISP聚类均不能把一年生辣椒聚为相同类群。由此说明,表观遗传多样性较遗传多样性更具有离散性,30份国外引进的辣椒种质资源表观遗传多样性较遗传多样性更为丰富。