本研究选择了中国易危经济鱼类的代表性种类——长臀鮠属、鲚属为研究对象开展鱼类系统学研究。针对长臀鮠属和鲚属分别采用形态度量学方法和分子生物学技术研究形态变异和物种分化，确立物种的有效性，为其生物多样性保护研究提供依据。论文主要分为两个部分：　　 1.长臀鮠属隶属于鲇形目长臀鮠科是东亚特有种类，只分布于中国南部广东、广西、云南、海南诸水系及越南红水河水系。运用多变量形态度量学方法，研究长臀鮠属鱼类的形态差异，对分类学上存在争议的长臀鮠属3个物种66个个体43个形态度量性状进行了主成分分析。根据主成分分析的结果评价该属物种有效性。结果表明：目前分类识别的3个物种长臀鮠(Cranoglanis bouderius)、海南长臀鮠(C.multiraditus)和红河长臀鮠(C.henrici)在形态上并无明显的区别。根据命名法规，长臀鮠属鱼类只有一个有效种，即长臀觥(Cranoglanisbouder ius)。　　 2.鲚属隶属于鲱形目鲲科，是西太平洋沿岸栖息的小型鱼类。近年来属内物种处于濒危状态。以鳀科鳀属鳀(Engraulis japonicus)、欧洲鳀(E encrasicolus)为外类群，选择Cytb基因为遗传标记，运用分子系统学方法对中国鲚属七丝鲚(Coilia grayii)、凤鲚(C.mystus)、短颌鲚(C.brachygnathus)和刀鲚(C.ectenes)4种鱼类147尾样本进行系统发生和物种的种群进化研究，为明确鲚属鱼类的分类关系提供分子证据。主要研究结论如下：　　 1)湖鲚、短颌鲚物种有效性不能得到分子数据支持。湖鲚、短颌鲚并非有效物种，为刀鲚(C.ectenes)的特殊生态类群。　　 2)凤鲚有两个谱系来源，应将其亚种提升到种，可以采用风鲚(C.mystus)和九龙江鲚(C.jiulongjiangensis)作为两个物种的名称。中国鲚属有4个有效物种：七丝鲚、刀鲚、凤鲚、九龙江鲚。　　 3)通过构建NJ、MP和Bayesian系统发育树，得到中国鲚属种间系统发育关系为：刀鲚与七丝鲚构成姐妹群关系，然后再与凤鲚聚在一起，九龙江鲚位于系统发育树的基部。中国鲚属4种鱼类中，九龙江鲚最为原始，是最先分化出的物种；刀鲚、七丝鲚分化时间较迟，大约在上新世中期。　　 4)种群分析共定义57个单倍型：七丝鲚5尾定义3个单倍型，凤鲚9尾定义9个单倍型，九龙江鲚20尾定义16个单倍型，刀鲚113尾定义29个单倍型。单倍型多样度高。　　 5)高节点支持率的一致进化树以及丰富的遗传多态性证明Cytb基因可以作为鲚属系统发育及种群进化分析中一个合适的遗传标记使用。　　 6)鲚属刀鲚、风鲚、九龙江鲚都具有较高的遗传多样度。相比较而言，凤鲚、九龙江鲚遗传多样性高于刀鲚。　　 7)刀鲚、凤鲚、九龙江鲚都形成星状系统发育谱系，显示这三个物种过去都经历了种群扩张。　　 8)刀鲚物种内存在广泛的基因交流，可能与刀鲚不同生态类群之间缺少地理隔离有关。长江中下游湖泊可能为刀鲚祖先种重要避难所，为适应冰期环境向湖泊扩散，被迫适应淡水洄游定居。　　 9)凤鲚、九龙江鲚基因交流长期被阻断，两物种分化显著。不同地域的鲚属祖先群体受到不同水团温度、盐度梯度等影响可能是导致物种分化的原因。