艾滋病的蔓延，非典的肆虐，禽流感的再次爆发将公众的健康推到了危险的边缘，药品专利强制许可制度也越来越受到人们的关注。虽然经过近几年发展中国家与不发达国家的不懈努力，药品专利强制许可制度已被纳入国际公约，并促成了《与贸易有关的知识产权协议》、《TRIPS协议与公共健康多哈宣言》、《执行TRIPS协议与公共健康多哈宣言的第六段的执行》，《修订TRIPS协议议定书》的签署，对公共健康危机的解决，及平衡药品专利保护下的利益冲突起到了一定的作用。但是药品专利体制下药品市场垄断与妨碍市场有效竞争、阻碍后续发明的冲突，药品专利权人对药品专利垄断权与社会公众公共健康权的冲突以及国家间经济发展权益的冲突还是显而易见的，它并未从根本上解决问题，而仅仅是现今各政治力量集团（尤其是发达国家与发展中国家和最不发达国家两大利益集团）博弈的结果，是政治力量协调的结果，并非真正意义上的利益平衡。因此在现行药品专利强制许可制度的框架内通过怎样的制度设计使利益冲突达到真正意义上的平衡，在解决现今公共健康危机的基础上着眼于长远才是本文最初的写作动因。本文从药品专利强制许可制度的产生发展入手，在总体介绍药品专利强制许可制度下的多种利益冲突的基础上，重点分析在公共健康危机下的药品专利强制许可的利益主体、权利及他们之间的冲突，把握利益冲突的本质。最后根据平衡药品专利强制许可制度下利益冲突的原则针对现行国际上对双方利益的协调及其缺陷，在法律制度上对其予以完善，并提出药品专利强制许可应在保护公共健康的基础上激励创新的观点，以期能够从根本上解决愈演愈烈的公共健康问题。