区别于一般商品与服务领域，卫生产品和服务，特别是公共卫生和基本卫生医疗，具有公共物品或准公共物品的属性。因此，卫生市场存在市场失灵的现象。政府卫生支出作为政府介入卫生领域的经济基础和手段，代表政府财政对卫生事业的支持力度，是对卫生市场的有益补充。由于政府在提高全体居民健康水平、贯彻公共服务型政府理念和保护弱势群体上都存在应尽的责任与义务，公平性应作为中国政府卫生支出的目标之一。然而，改革开放以后，在经济市场化和财政分权化的影响下，我国政府卫生支出在卫生领域的作为渐小且偏向特定群体。近年来，其不公平性引起了民众的不满和世界的关注。因此，对其公平性的正确认识和评价具有十分重要的政策指导意义和深刻的现实意义。　　本文首先界定了政府卫生支出的内涵，明确研究重点为政府在卫生支出的公平性表现，将政府卫生支出的公平性细化为过程公平性（含流量公平性和存量公平性）和结果公平性，不涉及卫生支出的筹资公平性;然后在《卫生统计年鉴》的数据可得性的基础之上，建立了过程公平性和结果公平性的参考指标体系;最后，在参考指标体系的指导下，主要采用描述分析方法、基尼系数和泰尔指数综合运用的方法对所选取的公平性指标——政府卫生支出、床位、医生、预期寿命、婴儿死亡率等对我国政府卫生支出的省际公平性和城乡公平性进行评价。　　实证结果表明，总体而言，我国政府卫生支出的区域公平性得到了改善。就以预期寿命和婴儿死亡率等作为评价指标的结果公平性而言，省际公平性和城乡公平性得到了整体提高，但绝对水平仍不理想。就存量公平性而言，床位资源的公平性优于医生资源的公平性;无论是床位资源还是医生资源，东、中、西部各自内部省际差异是造成省际总差异的绝对主因，东部的内部差异尤甚，而城乡之间的组间差异是造成城乡总差异的主要力量。就流量公平性而言，从趋势而言，以地方政府卫生支出为衡量指标的省际流量差异在2000年到达历史最高水平，之后得到全面大幅下降;从贡献率来看，东、中、西部各自内部省际差异是造成省际总差异的绝对主因。　　在实证分析结果的基础上，本文从财政事权和财权的合理分配、卫生部门内部权责发生制会计原则和绩效预算的建立、城乡二元经济结构和基本医疗保障体系的统筹这三个方面提出了改善政府卫生支出的区域公平性的相关建议。