鳄蜥（Shinisaurus Crocodilurus Ahl）属鳄蜥科(Shiniasuridae)鳄蜥属(Shinisaurus)，是我国Ⅰ级保护动物，1989年被列入CITES附录Ⅱ中，是第四纪冰川末期残留在我国华南地区的原始爬行动物，在进化生物学以及系统分类学上具有重要的研究价值。然而，由于栖息地受到破坏和人为捕杀，鳄蜥种群数量已濒临灭绝，因此了解它们的遗传背景和分布格局，对制定有效的、科学的保护措施具有重要的意义。本研究使用11对微卫星作为分子标记，对广西大桂山国家自然保护区内鳄蜥分布的4条主要溪沟（打柴冲、吃水冲、鱼散冲和德胜冲）中的鳄蜥进行遗传多样性研究，结果如下:　　(1)11个微卫星位点总共检测到了155等位基因，平均等位基因数为14.091，其中等位基因数最多的是HM10，为26个;而等位基因数最少的是HM2和HM3，均为5个。　　(2) Hardy-weinberg平衡检验数据均在0.2424～1.0000范围内，检测结果显示11对微卫星位点中没有无效等位基因存在的现象。　　(3)11个位点的观测杂合度(Ho)数值的范围是0.243～0.704，平均观测杂合度是0.439;期望杂合度(He)的数据范围是0.394～0.884，平均期望杂合度是0.721。遗传分化系数的变化范围是0.033～0.195，平均分化系数为0.103，总的来说各位点的遗传分化水平处于中等水平，而且分化系数最大的位点HM3，分化系数为0.195。　　(4)4条溪沟鳄蜥种群间的基因流波动范围是0.096～0.207，表明种群间存在低水平的基因交流;AMOVA分析表明4条鳄蜥溪沟种群的主要遗传变异来源于种群内的变异，其中，种群间的变异为12％;种群内的变异为88％，遗传分化系数Fst处于中等分化程度。　　(5)基于微卫星标记对大桂山4条溪沟的鳄蜥进行瓶颈效应检测，结果显示4个鳄蜥溪沟种群在3种不同检测模型(IAM、TPM、SMM)和Mode-shift检验下均显示正常，即这四个样地中的种群可能没有经历瓶颈效应。但与2009年的调查结果比较，推断鳄蜥经历了瓶颈效应。　　(6)利用微卫星分子标记的Structure聚类分析表明鱼散冲与打柴冲聚为一类，吃水冲和德胜冲聚为一类。Mantel检验表明遗传距离与地理距离无显著相关关系(r=0.9147，P=0.1780)。这可能是由于本研究的研究尺度较小和鳄蜥的迁移能力较弱而导致的。　　(7) MEGA分析结果显示，在同一个溪沟里的个体亲缘关系越近的先进行聚类，亲缘关系越远的后进行聚类。根据研究的每一个溪沟中的鳄蜥NJ树可以得出，同一溪沟里的鳄蜥可以分为几个集群，并且结合4个鳄蜥样地的Nei遗传距离NJ系统树进行分析，推断出鱼散冲与打柴冲、吃水冲与德胜冲可能存在基因交流现象。并且根据地理位置与Neis遗传距离的分析，发现鳄蜥亲缘关系比较近的个体在溪沟中呈分散分布。　　综合以上结果分析，在整体上大桂山野生鳄蜥具有较高的遗传多样性，并且根据鳄蜥的分布格局来看，各溪沟中鳄蜥亲缘关系比较近的个体在溪沟中呈分散分布，在保护遗传学上，这种分布格局能够减少鳄蜥的近亲繁殖，有利于鳄蜥遗传多样性的恢复甚至有利于遗传多样性的增高。所以，在制定该研究区域的保护措施时，要加强鳄蜥空间格局的保护，并要着重于对鳄蜥生境的保护，因为适宜的生境和合理的空间结构，有利于鳄蜥的自由活动，能够减少鳄蜥的近亲繁殖和有助于遗传多样性的恢复。