人类染色体蛋白质组计划（C-HPP）旨在以染色体为研究单位，阐明不同组织的蛋白表达谱、丰度分布和翻译后修饰情况。本研究团队早前报道了利用翻译中mRNA（结合于核糖体-新生肽链复合物上的mRNA，即RNC-mRNA）丰度可计算94%以上的相应蛋白质丰度。因此，我们建议，以全长RNC-mRNA分析辅助定性和定量解析人蛋白质组。目的：论证RNC-mRNA分析作为C-HPP的另一支柱的可行性与必要性。方法：本研究对人正常支气管上皮（HBE）细胞和人结直肠癌（Caco-2）细胞的RNC-mRNA和总mRNA进行下一代测序。分析两种细胞的RNC-mRNA组成和序列覆盖特征；以Caco-2细胞为例对翻译组和蛋白质组进行比较分析；分析单核苷酸变异体的翻译效率；以及比较两种细胞中的差异翻译和细胞特异性翻译基因的染色体分布规律。结果：本研究分别从HBE细胞和Caco-2细胞中鉴定了12758和14113个翻译中基因，且大部分基因编码区的序列覆盖度大于80%。在Caco-2细胞中，本研究发现4180个单核苷酸变异体的翻译证据。以RNC-mRNA信息为基准，对4个来自不同实验室的不同质谱平台鉴定的蛋白质组数据进行整合分析，本研究获得7876个基因的翻译证据和蛋白质证据，预示着约6000个基因在Caco-2细胞中存在翻译证据而缺乏生物质谱证据。此外，本研究提供了1397个非编码基因的翻译证据，为新蛋白的探索提供依据。677个在两种细胞中差异翻译的基因在染色体上呈现不均匀分布。另外，我们发现Caco-2细胞和HBE细胞中特异性表达的基因分别为2105个和750个，且同样呈现不均匀分布现象，尤其集中于如19号染色体等个别染色体上。结论：我们认为RNC-mRNA分析可作为C-HPP的第四支柱，与已有的质谱、生物信息学和抗体支柱结合，在HPP/C-HPP的主要目标——寻找人类编码基因的蛋白质证据和发现新蛋白——中起积极作用。