随着家庭联产承包责任制的建立和社会主义市场经济的快速发展,农业的小生产与大市场之间的矛盾正在日益加深。因此,处于弱势地位且境况相似的农民个体对合作的需求也在不断增加。然而,由于“高合作成本和低合作收益”以及普遍存在的“搭便车”问题,原子化的小农难以内生出合作组织,因此,非小农主导的适应市场导向的外生型合作组织就应运而生,绝大多数农民专业合作社都是生产大户、运销大户、龙头企业等少数“带头人”在获利机会的驱使下的所产生的诱致性制度变迁的结果。本文首先分析了我国农民专业合作社的运行机制的演变历程,然后在借鉴国外合作社成功的案例的基础上,运用企业所有权分配理论对农民专业合作社的运行机制进行了详细的分析和研究,同时在对湖南省乌山贡米合作社的实证调查的基础上,分析了合作社所有权分配的现状、成因以及其演变的趋势,并对农民专业合作社的运行机制进行了完善和构建,最后再结合研究的结果对湖南省农民专业合作社的发展提出了具有针对性的政策建议。