自20世纪90年代以来，产业内贸易己逐渐成为中日贸易的重要组成部分，产业内贸易的发展对两国间贸易结构的优化和产业结构的调整有着重要意义。中国是最大的发展中国家，日本是科技大国，中国积极开展与日本的产业内贸易，既有利于改善中国在国际分工中的地位，又可以学习日本先进技术,提高本国产品的科技含量，缩小中日两国之间的技术差距。高新技术产业内贸易在中日产业内贸易中占据着重要的地位，因此，本文着重研究影响中日高新技术产业内贸易发展的因素以及如何促进中日产业内贸易的进一步发展。本文首先运用产业内贸易静态指数（G-L）对中日两国的高新技术产业内贸易现状进行了分析,发现中日高新技术产业内贸易水平很低，并且目前我国的高新技术产品贸易发展极不均衡，主要以低廉的劳动力为优势,在国际分工中处于生产和加工的低级阶段。其次，对产业内贸易的类型进行划分，分为垂直型产业内贸易和水平型产业内贸易，运用分类贸易指数(GHM)测算发现两国间仍以低水平的垂直型产业内贸易为主。然后应用计量经济模型对影响中日高新技术产业内贸易的具体因素进行实证分析，分别针对国家层面因素和市场层面因素做了实证分析，结果发现，经济对外开放程度、市场规模、日本对中国的直接投资和技术进步对提高中日高新技术产业内贸易有明显的促进作用，而两国的人均收入差异和资源禀赋差异具有负作用。最后结合实证结果，对发展我国高技术产品产业内贸易提出改进建议：我国政府应该加强宏观指导，建立合理的高新市场体制；加大对高新行业的支持力度；加快产业结构升级。市场方面，应该多渠道引导社会投资，增加对技术创新的投入；建立行业领先水平的高新技术行业开发基地，实施有利于技术创新的人力资源政策。