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品种的多样化是家畜具有适应复杂多变生态环境能力的保障，是畜牧业生产可持续发展的基础。我国拥有丰富的猪品种资源，但在注重竞争与效益的市场经济体制下，受到瘦肉型商用猪种的强烈冲击，我国已出现带有全局性的猪品种资源危机。对家畜遗传多样性的研究有助于做好品种资源的保护和利用。微卫星DNA标记是目前家畜遗传多样性检测和评估中的最常用分子标记。因此，本研究藉微卫星DNA标记为研究工具，对我国具特色的地方猪品种(太湖猪和小型猪)及新西兰奥克兰猪的遗传多样性现状进行检测和评估，据此作为猪品种资源保护、利用的客观依据；同时尝试运用多种分析手段，以期摸索一套行之有效的微卫星DNA数据处理方法。本研究所得结果如下： 1． 27个微卫星DNA座位在太湖猪类群(二花脸、中梅山、小梅山、米猪和沙乌头)、姜曲海猪和东串猪中基本上均呈高度多态，座位平均等位基因数目为8.148，平均总群体遗传杂合度为0.722。除S0002、S0026、S0355和Sw632外，其它大部分微卫星座位处于Hardy-Weinberg不平衡状态，这可能是由品种(类群)内始祖效应、高强度选育及近交育种等多种因素所造成。 2． 27个微卫星DNA座位上，7个品种(类群)具有的等位基因数目和频率不同程度地呈现出差异。一些等位基因为品种(类群)所共享，且出现频率较高，如Sw24座位的104bp和Sw936座位的110bp等，推测它们可能是地方猪基因组中最为“原始”的等位基因；一些等位基因为某个品种(类群)所特有，且出现频率较高，如S0218座位的188bp只出现在二花脸中，Sw72座位的114bp只在沙乌头中出现，它们可作为特征标记而潜在应用于品种(类群)识别和品种(类群)保护。 3． 7个品种(类群)的期望遗传杂合度在0.429-0.677之间，姜曲海猪的值最高，而小梅山值最低。综合平均观测、有效等位基因数目，平均观测、期望杂合度及平均多态信息含量5个指标的比较，7个品种(类群)内遗传变异程度大小依次为姜曲海猪、米猪、二花脸、沙乌头、中梅山、东串猪和小梅山。固定指数表明(Fst=0.18)，总群体的遗传变异大部分(82％)分布于各品种(类群)内，少部分(18％)存在于各品种(类群)间。 4． 7个品种(类群)的Nei氏(1972)标准遗传距离在0.238-0.624之间，Cavalli-Sforza和Edwards(1967)余弦距离在0.107-0.231之间，由两者分别绘制出的NJ聚类图和UPGMA聚类图基本一致。太湖猪5个类群聚为一支，姜曲海猪和东串猪聚为另一支。太湖猪类群内，二花脸和米猪聚为一支，中梅山与小梅山先聚一起，而后与沙乌头相聚。由等位基因频率转换所得的主成分分析亦清晰表明上述各品种(类群)遗传关系的划分。 5． 对我国一些地方猪品种与欧洲猪品种的微卫星DNA数据进行合并聚类分析，华中农业大学;00二;月体士研究生学位论文我国地方猪与欧洲猪品种明显分为两大系统，这支持欧亚家猪由不同野猪类型独立进化而来的结论。 6.采用20个荧光微卫星DNA标记对小型猪品种遗传多样性检测结果显示，5个猪品种的期望遗传杂合度在0.553一0.661之间，藏猪的值最高，香猪的值最低，作为对照外群的二花脸值居中。综合5个遗传多样度衡量指标的比较，小型猪品种内遗传变异程度大小依次为藏猪、五指山猪、滇南小耳猪和香猪。 7.5个猪品种的Nei氏(1972)标准遗传距离在0.429一0.986之间，相似性系数在0.373一0.651之间，由此得到的NJ聚类图显示，香猪与滇南小耳猪先聚一起，然后与藏猪聚为一支;五指山猪与二花脸聚为另一支。 8.共享等位基因距离法绘制出的个体间NJ聚类图表明，二花脸、五指山猪和滇南小耳猪的个体全部正确归类，香猪中仅有两个个体被划归于藏猪。藏猪和五指山猪中含有两个亚群。品种间的聚类关系与Nei氏(1972)标准遗传距离所得NJ聚类图有所出入。 9.采用26个荧光微卫星标记对奥克兰猪遗传多样性检测结果显示，奥克兰猪的期望遗传杂合度为0.454，平均有效等位基因数目为2.175，其值低于我国地方猪与其它国外猪品种，奥克兰猪遗传多样程度日趋匾乏。奥克兰猪与澳洲商用猪群、我国家猪的Nei氏(1 972)标准遗传距离在0.361一0.709之I’ed，DA遗传距离在0.321一1.645之间，两者所得NJ聚类图基本一致。奥克兰猪与澳洲商用猪群遗传关系较近，而与我国家猪遗传关系较为疏远，证明其可能为欧洲起源。 10.依据所得个体微卫星DNA基因型对其进行品种归属判定，八种判定方法的准确度在81.08一98.20%之间，准确度由高至低依次为贝叶斯法、DA、Nei氏标准距离、Cavalli一Sforza和Edwards余弦距离法、基因频率法、Nei氏最小距离法、共享等位基因距离法和(和)’。依贝叶斯法，26个微卫星标记的判定能力在33.33一68.47%之间，500韶判定能力最高，而ZG凡最低。依非父排除概率公式H和IIJ，微卫星DNA标记的排除概率分别为在0.551一0.814和0.368一0.713之间，累计概率达到99.99%以上。