利用基因芯片技术研究人胰腺癌相关基因

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胰腺癌在我国的发病率居全身恶性肿瘤的第12位,且呈逐年上升的趋势,是严重危害人民生命健康的一种疾病。胰腺癌的显著特点是恶性程度高,治疗效果及预后较差。即使接受手术切除及放射、化学药物治疗,患者的生存期仍无明显改变。手术后平均生存期仅14个月,5年生存率1%左右。因此对胰腺癌发生、发展的分子机制研究正成为这一领域的热点。肿瘤的发生、发展是一个非常复杂的多阶段的过程,涉及到众多肿瘤相关基因表达失常或肿瘤抑制基因失活。正常基因的突变或缺失、癌基因的异常扩增和表达以及多个基因的协同作用、基因本身的多效性和机体免疫因素,决定肿瘤表型的表达与否。目前认为与胰腺癌有关的基因基因异常一般分为三大类别:①原癌基因的激活或过度表达,如K-ras、c-myc、c-jun、c-fos、EGF受体系统、c-erb-B2和B3受体系统、纤维母细胞生长因子及其受体系统、HGF和c-met等。②抑癌基因的失活,如P53、Smad4/DPC4、APC、MMC、DCC、Rb1、BRCA2、P16(MTS)、nm23、Ki67和PCNA等。③DNA错配修复基因(MMR)的异常。此外,一些生长因子及其受体以及组织金属蛋白酶等的异常在胰腺癌的发生、发展及侵袭、转移过程中也起促进作用。人类基因组计划(Human Genome Project, HGP)是人类基因组研究的重要里程碑,标志着人类基因组研究工作取得了实质性进展,为破译生命之谜奠定了坚实基础。目前人类基因组序列的测定已经完成,已知人类基因组共有32亿个碱基对,包含了大约3万到4万个蛋白编码基因。但全部70,000至100,000个基因的鉴定及功能阐明仍然是一个巨大的挑战。随着人类基因组计划的逐步完成,现已确定在基因表达调控、机体免疫及细胞分化等重要生命过程中有许多相关基因是成簇排列的,它们可以分布在一较大的染色质区域或不同染色体上,在基因表达调控方面具有明显不同于单个基因的特性,其中的各个基因是作为统一的整体进行调节,各基因在细胞分化、个体发育过程中保持高度的时空以及表达量的协调性。众多肿瘤相关基因在胰腺癌发<WP=5>生、发展及侵袭、转移过程中,起着各自不同的作用,但在时间和空间上又相互协调,基因表达谱的多效性以及机体免疫因素,决定最终的肿瘤转归。这些肿瘤相关基因很可能构成一个相互协调的共表达的基因群体。将在肿瘤发生、发展及侵袭、转移的各个环节和阶段中共同表达的众多基因作为一个“基因群”(gene cluster)进行研究,筛选在胰腺癌发病过程中的多个环节上起作用的分子和起关键性调控作用的基因,揭示肿瘤发生、发展在基因水平的本质,将对于胰腺癌的早期诊断和进行有效的基因治疗具有重要意义。基因芯片也称为基因微矩阵(Microarray),是近几年发展起来的一项前沿生物技术。基因芯片将大量的靶基因片段有序地、高密度地排列在玻片等载体上,用荧光检测和计算机软件进行数据的比较和分析,它在一次实验中可以对上万种基因的表达水平进行快速、准确、高效的检测。使用荧光标记探针可以直接对两组RNA标本中基因的丰度差异进行量化比较,从而达到高效筛选差异表达基因的目的,并且对标本量的需要可以大大减少。通过基因芯片技术能确定细胞内所有基因的表达谱,可同时获得成千上万个基因活化的模式。基因芯片技术的出现能够在基因组水平并行分析大量基因,,全面了解各个基因在不同时期、不同生理状态的表达变化,从而迅速获得丰富、全面的肿瘤生物学信息。基因表达谱芯片在肿瘤研究领域中具有非常重要的价值,为研究肿瘤发生发展中的关键基因及表达谱提供了强有力的工具。全长cDNA的克隆和测序将直接导致基因的发现,并有助于基因功能的研究。富含全长cDNA的高质量cDNA文库的构建对于全长cDNA克隆至关重要。本课题所在实验室构建了高质量的人类全长cDNA文库,通过大规模cDNA测序,筛选到一批全长新基因,部分新基因已登录到GenBank。将从cDNA文库中克隆到的4096条全长基因(含部分新基因)制备成cDNA表达谱基因芯片,对9例胰头导管腺癌切除标本组织的基因表达差异进行了研究。将人正常胰腺组织mRNA和胰腺腺癌组织mRNA逆转录荧光标记合成cDNA荧光探针后,同时与基因芯片杂交,并重复两次。每次结果均通过扫描,定量,采用扫描成像计算机系统进行分析,计算荧光信号的差异程度,筛选出共同的差异表达基因。按差异显著阳性标准,从4096个基因中筛选出在胰腺癌组织中共同差异表<WP=6>达基因184条,胰腺癌组织中87条表达上调,97条表达下调。其中有11条尚未在GenBank登录的人类新基因。这些在不同病例的组织标本中表达变化一致的基因主要涉及细胞增殖、凋亡、细胞周期等多个过程,其中表达增加的基因包括:(1)原癌基因(如:RAB22B蛋白、人Rho GDP解离抑制因子),(2)细胞周期相关基因(细胞分裂周期基因10、细胞周期素依赖性蛋白激酶2等),(3)信号传导相关基因(如酪氨酸激酶相关基因、有丝分裂激活蛋白激酶13、膜联蛋白1等),(4)细胞外基质及细胞骨架和运动蛋白(如I型、III型、IV型、V型胶原蛋白、纤连蛋白1、α2肌动蛋白、人微管蛋白A3等),(4)转录因子(如信号传导子及转录激活子1、FUSE结合蛋白3、低氧诱导因
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