生物体内存在着大量的不以蛋白质为终产物，而是以RNA为终产物的基因，这种基因我们称之为非编码RNA(Noncoding RNA)基因。本文主要对两种非编码RNA，即snoRA和microRNA的鉴定和分析进行了研究。 Box C/D snoRNA可以介导rRNA、snRNA和tRNA上的核糖2’-O-甲基化修饰。首先，对水稻25SrRNA上的甲基化位点进行了测定。结果显示，在植物rRNA上有大量的甲基化位点，并且相邻的位点均被甲基化修饰的数量明显高于其他真核生物。然后，使用测得的这些甲基化位点的信息，并且应用自己编写的可以搜索含有非经典的box C和D的snoRNA的程序，在水稻基因组中发现了6个全新的box C/D snoRNA的基因簇。这些snoRNA的表达和介导的甲基化位点都经过了实验的验证。 通过实验还证明box C/D snoRNA基因簇的多顺反子表达方式在水稻中是广泛存在的。另外，还找到了一个新的snoRNA基因，命名为snoR124，可以介导U4和U5 snRNA的2’-O-甲基化。这是在植物中首次发现box C/D snoRNA可以介导除rRNA外其他RNA的甲基化。 MicroRNA(miRNA)是一类长约22nt的小分子RNA，能够对基因进行转录后的表达调控。首先对小分子RNA库的建立、克隆、鉴定等实验过程的各个步骤进行了优化，建立了适合本实验室进行的实验方法。应用这一方法，对水稻的不同时期不同组织的样本分别建立了7个小RNA库(18nt～28nt)。经过生物信息学分析及Northern杂交筛选鉴定了15个水稻中新的microRNA家族。通过分析结果发现，有些miRNA前体分子可以产生多个不同的miRNA双链。这可能是一种植物中特有的miRNA基因组织形式。另外，为了更好的了解miRNA的作用，通过miRNA芯片对诱导分化前后的P19胚胎瘤细胞中的miRNA表达谱进行了检测。芯片的结果显示，P19细胞经诱导分化为神经干细胞后，miRNA表达谱发生了很多变化。对这些表达量变化的miRNA的分析发现，它们很多都是成簇表达的，并且某些簇中的所有miRNA的表达量变化十分显著。通过更细致的分析发现，很多与神经发育相关的因子都可能与miRNA的调控有关。 本文通过生物信息学与实验相结合的方法，在水稻中鉴定了多个非编码RNA基因，并对它们进行了实验验证和分析。研究结果不仅丰富了非编码RNA的数量，还发现了它们具有新的基因组织形式和新的功能。对miRNA表达谱的研究为更进一步的研究提供了大量有用的信息，具有十分重要的意义。