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Long non-coding RNA(lncRNA)是长度大于200个核苷酸的非编码RNA,它在基因印记、染色质重塑、细胞周期调控、剪接调控、mRNA降解和翻译调控等生物学功能中发挥重要作用。最近研究显示,lncRNA在细菌病以及癌症治疗中也发挥重要作用。肠炎沙门氏菌作为一种食源性病原菌,在公共卫生学方面具有重要的意义。它主要通过感染肠道黏膜,引起严重的肠道炎症以及并发症。遗传背景在鸡抵御该菌的感染中起到非常重要的作用,不同鸡品系(品种)对肠炎沙门氏菌的易感性/抗性有着明显的差异。高通量测序技术为各物种lncRNA分析鉴定提供了有力工具,而lncRNA在鸡肠炎沙门氏菌感染中的调控机制尚不清楚。本研究利用肠炎沙门氏菌感染肠炎沙门氏菌阴性两日龄SPF白来航鸡和济宁百日鸡,感染后第七天采集盲肠组织样品,每个品种内对照组与处理组分别构建3个小RNA文库,共12个文库(SC1、SC2、SC3、JC7、JC8、JC9、ST4、ST5、ST6、JT10、JT11、JT12)。利用HiSeq2000测序技术分析鉴定感染肠炎沙门氏菌后差异表达的mRNA和lncRNA,同时利用荧光定量PCR技术分析肠炎沙门氏菌感染后SPF白来航鸡与济宁百日鸡盲肠组织中lncRNA与靶基因的表达情况。结果显示:(1)去除接头与低质量测序数据,在12个文库中获得clean data分别为78,192,676G、70,738,170G、77,276,380G、79,242,068G、69,736,056G、75,090,818G、71,655,498G、66,067,530G、76,768,730G、77,237,062G、79,352,414G、77,197,824G(2)在SPF白来航鸡感染组和未感染组(SCvsST),济宁百日鸡感染组和未感染组(JCvsJT),SPF白来航鸡未感染组和济宁百日鸡未感染组(SCvsJC),SPF白来航鸡感染组和济宁百日鸡感染组(STvsJT)的比较中,分别发现736个,673个,224个,90个差异表达的基因。功能注释分析结果发现这些差异表达基因参与多条与免疫反应相关的过程,如先天性免疫反应,适应性免疫反应,凋亡与自噬反应等。(3)在SCvsST组中筛选出13个差异表达lncRNA,JCvsJT组中筛选出6个差异表达lncRNA,SCvsJC组中筛选出11个差异表达lncRNA,在STvsJT组中筛选出2个差异表达lncRNA。通过预测发现,差异表达lncRNA与135个靶基因关联,其中包含7个免疫相关基因。利用DAVID数据库对靶基因进行功能注释分析,在Biological_Process中显著富集的通路有cellular process,macromolecule metabolic process,在Cellular_Component中显著富集的通路有cell part,intracellular part,在Molecular_Function中显著富集的通路有binding,heterocyclic compound binding。(4)鉴定出18个差异极显著的lncRNA。我们发现9个与肠炎沙门氏菌感染相关的lncRNA,对应109个靶基因。这些靶基因分别在Cytokine-cytokine receptor interaction,RNA degradation,mRNA surveillance pathway等通路中显著富集。ENSGALT00000078841,ENSGALT00000087884,ENSGALT00000069943,ENSGALT00000083946,ENSGALT00000086955等lncRNA通过靶基因CCL19,CLP1,TIMM10在肠炎沙门氏菌感染后发挥重要作用。本次试验为深入研究lncRNA在肠炎沙门氏菌感染中的作用机制奠定基础,并为鸡的分子抗病遗传育种提供理论基础和科学依据。