高校与政府之间的关系是高等教育管理体制改革中的核心问题之一，处理好高校与政府的关系是深化高等教育管理体制改革的重要任务。基于此，学术界对该问题展开了深入研究，但他们要么是流于对现象的描述，要么是侧重两者的法律关系，抑或是关注两者与市场或社会的三方互动，而缺乏对两者一般关系的专门与深入的研究。这就使得高校与政府之间关系改革的内在逻辑还含糊不清，为了将改革推向前进，必须把这个问题搞清楚。　　论文的创新之处主要体现在研究理论的运用。从新制度经济学的角度看，政府与高校的关系是一种交易，其实质是两者之间的契约选择问题，而交易与契约的选择又受制于具体的约束条件。不同的交易方式其交易费用是不同的。所以，高校与政府关系改革的内在逻辑就是:在给定的约束条件下，主要是既定的经济、政治制度环境条件下，为了节约交易费用，实现交易双方的收益最大化而进行的契约选择。本文的主要任务是借助契约选择理论，采用文献研究法和历史逻辑分析法，从教育中微观的交易着手，对我国公立高校与政府之间关系改革的历史进程给予新制度经济学的分析与解释，并概括当前两者的关系现状，找出存在的问题，分析其具体原因，最后基于新关系的展望提出政策建议。　　论文总共分为六个部分。第一部分为导论，介绍了要研究的问题与意义所在，以及已有的研究成果。　　第二部分说明本文采用的研究方法和详细的理论介绍。这其中包括逻辑假设前提和关键概念的界定。所谓交易，就是两个产权主体（包括个人、学校和其他组织、政府等）之间关于财产、产品或劳务的某种权力和价值的让渡、转移或者交换，而且这种让渡、转移或者交换是在“自愿”的基础上通过契约来实现的。契约是交易的治理形式，它是交易双方之间的一项协议，是两个自愿交换产权或者某种价值的主体所达成的一种合意。　　第三部分是运用契约选择理论描述教育中的交易和契约选择问题。通过界定高校产权、教育中的交易、教育契约等相关概念，清楚地看到了高校与政府之间的交易关系，并且这种交易与一般企业之间的产品交易有明显的不同，这主要源于教育活动的特殊性质。　　第四部分是本文的核心部分，采用历史逻辑分析的方法，将高校与政府之间的契约选择划分为计划经济体制和市场经济体制两个阶段，沿着一条清晰的逻辑链条——交易→契约→关系，探讨了高校与政府之间的关系改革，从而得出结论:由于我国的经济改革采取的是“渐进”式策略，使得高等教育管理体制改革也呈现出渐进的特点;从计划经济体制到市场经济体制，高校与政府之间的关系逐渐由隐含的、非正式契约关系转变为显性的、正式契约关系。在这个过程中，交易费用从总体上得到了节约，高校绩效得到改善。　　第五部分探讨了高校与政府的关系现状，认为两者的关系主要还是接近于政府控制型，虽然它们之间的交易从形式上看已经基本是市场交易，但是从内容上看仍然带着管理交易的“影子”。接着分析了现状形成的具体原因，主要有以下几个方面:“学校本位”的产权仍然残缺、法治不力、政府没有划清政治与教育的界限、不公平的竞争环境、其他市场制度缺失。　　第六部分指出，“科学发展观”的提出为进一步改革高校与政府之间的关系创造了机遇，并对未来两者的关系进行了展望，认为它应该是一种“彼此信任、相互促进”的伙伴关系。为了实现这样一种伙伴关系，必须采取如下几个措施:第一，进一步完善“学校本位”的高校产权。当前主要是扩大并严格落实高校的办学自主权，要尽快把校长人力资本产权纳入高校产权的范畴中。第二，进一步转变政府职能。主要是政府要澄清认识，打破权力垄断。第三，加强法治。目前就是要尽快制定《行政程序法》，对行政权力与行政行为予以法律约束。第四，搞好大学制度建设，重塑大学精神。要建立董事会和完善学术委员会的结构与功能，逐步形成能“教授治学、校长治校”。第五，培育公平的竞争环境。在这点上政府要起主导作用，提供制度与信息服务。第六，进一步完善中介组织。