2012年教育部颁布了多部关于高校科研经费的相关文件,其中最为典型的是与高校科研经费、科研项目以及科研行为相关的各种意见性文件,这些来自行政部门和机构的文件,不仅为高校科研经费的正确合理使用,走向正规化提供了法律依据,而且提供了一定的约束条件。尤其是国家和社会各个层面对高校科研情况的关注度和认识在逐渐提高,通过审计的方式来加强科研经费的管理,发挥其创造性作用,产出更多、更新的成果,不仅逐渐成为了国家审计机关以及高校审计部门面临的重要问题,而且为促进高校科研经费审计理论体系建立,加快科研经费审计实践创新进程提供了全新的研究方向。鉴于此,本文以“高校科研经费审计问题及对策研究”为题目进行了相关的研究,首先对高校科研经费审计过程中出现的相关专业性理论进行了详细的阐述,对高校科研经费、审计以及科研经费审计等概念进行了界定;其次,结合专项审计理论、全过程跟踪审计理论、审计问责理论以及绩效审计理论,构建了高校科研经费审计理论框架;其次,结合我国高校科研经费审计中存在的各种问题以及对高校审计部门工作人员、科研项目管理人员以及科研项目主持人员的访谈记录,展开了深刻的剖析,经过分析发现,高校科研经费审计中主要存在的问题。最后,结合对高校各个相关部门的访谈以及最新的一些审计理论和架构,针对高校科研经费审计中出现的相关问题,逐条逐项提出了相应的改进手段,其中包括提高科研人员以及管理人员对于科研经费审计重要性的观念意识的提高;针对某些重大科研项目采取的专项审计手段;加强审计组织机构的矩阵式创新以及与国家审计机构、外部审计机构的沟通与合作;引入跨越科研经费前中后期的全过程的跟踪式审计体系,并建立高校科研经费中长远期审计规划目标;对科研项目和科研经费进行全面而科学的效益性评价;对科研经费审计后公开制度的完善和改进以及审计后处理方式的及时跟进等建议和措施。通过本论文的研究,丰富和完善了高校科研经费审计的相关理论体系,使科研经费审计的相关理论更加贴近高校科研经费审计的实际状况,为创新性的科研经费审计方法和理论在实际中的应用提供了新的途径。同时,使得高校科研经费的审计更加科学和规范,对于高校科研经费管理者和科研项目主持者工作热情的提高也会产生积极推动,并最终使高校科研经费的使用向着更高效、科学的方向发展。