作为中国社会保障制度中必不可少的一部分，医疗保障制度对我国的国计民生有着重大的意义。同时，“三农”问题又是关系着我们党和国家全局性的根本问题。农民的医疗保障问题解决好，才能实现我国小康社会全面覆盖的目标。新型农村合作医疗制度作为关系着七亿农民医疗问题的保障制度，其实施效果的好坏对于统筹城乡协调发展、广大农民的切身利益以及社会的安定都具有十分重大的影响。经过2003年起试点推行到全国范围内全面推行这十余年的探索研究，新型农村合作医疗制度取得了很大的成就，但在运行过程中也显现出一些问题，仍旧需要继续完善和发展。在实践中，各个农村地区的实际情况相差很大，必须因地制宜。本文分为理论分析研究、现实分析研究、对策分析研究三个部分。首先对新型农村合作医疗制度的国内外学者的研究成果按照时间顺序进行了表述和总结，并从卫生经济学理论、福利经济学理论和信息经济学理论等三个与医疗保险相关的核心的理论为研究新型农村合作医疗制度打下了深厚的理论基础。其次，将山西省吕梁市新型农村合作医疗的运行情况作为研究对象，采用文献资料分析法、问卷调查法、实地个案访谈法、统计分析法对吕梁市新型农村合作医疗制度的运行现状进行了全面分析，主要包括农民的参合情况、基金的筹集和使用情况、对参合农民的补偿情况和农民对新型农村合作医疗制度的评价等几个方面。但是在实践中也暴露出很多问题，主要表现在：筹资机制不完善、补偿机制不合理、政府没有充分发挥其主体作用、定点医疗机构存在不规范行为等几方面，同时还分析了产生这些问题的原因。最后，在对策研究部分针对目前吕梁市新型农村合作医疗运行中存在的问题提出了建议：第一，建立可持续的筹资制度；第二，科学设计补偿方案；第三，加强政府的职能责任；第四，加强对定点医疗机构的监管，从诊疗、收费等方面规范其行为。从而为吕梁市乃至我国其它地区新型农村合作医疗制度的完善提出可行性的建议。