发生于1994年的卢旺达种族大屠杀，直接导致了非洲中部、尤其是位于大湖区的刚果民主共和国的武装冲突和不稳定事件。种族屠杀迫使大批的胡图族人通过联合国逃往邻国扎伊尔一刚果民主共和国，此举破坏了非洲的团结统一。刚果民主共和国支持非洲团结，但是经过在布隆迪发生的一系列事件，成千上万的胡图族人逃离了布隆迪和卢旺达两国，前往扎依尔东部地区(即今日的刚果民主共和国)。
　　此外，有两个动机促使卢旺达军队进入刚果民主共和国:一是有计划地掠夺该地区的矿产资源;二是凭借遣返在卢旺达的刚果难民，从而赶走当地的居民。这些行动让卢旺达人占领了刚果人的土地，而土地的原有主人为了逃避战争不得不背井离乡。关于卢旺达军队进入扎伊尔东部以及卢旺达与乌干达参战主要有两种解释，他们并不相互排斥。根据基加利政府的说法，名叫Interahamwe的胡图族民兵推行种族屠杀政策后，胡图难民营成立了，他们计划通过武力夺回政权。Interahamwe民兵组织的很多成员都赞成种族屠杀，并受到前卢旺达军队的支持。
　　卢旺达和乌干达开始为洛朗·卡比拉建立的刚果民主力量联盟(AFDL)提供武器和资金援助。1997年5月卡比拉控制首都后将国名改为“刚果民主共和国”，但治理国家时遇到了许多阻碍。在幕后，许多团体试图夺取政权，包括希望保持势力的外国债主。此外，卢旺达人在首都的显赫存在彻底激怒了刚果人，他们开始将卡比拉视为外国大国的玩偶。这就是促使卢旺达和乌干达在刚果民主共和国刚成立不久就对其发动战争的原因。刚果民主共和国正在加大外交、政治和军事上的努力，从而在联合国、非盟、南部非洲发展共同体和大湖地区国际会议组织层面上获得对大湖地区的控制，但结果好坏参半。