在知识高速发展的时代,创新水平已经成为衡量一个国家综合经济实力的重要标志。高新技术企业作为科技创新的主体,其创新活动需要投入高额的资金,且其面临的企业环境是复杂的、多变的、开放性的,这对高额资金的控制水平提出了更高的要求。创新资金控制的水平高有利于创新活动的顺利进行。创新资金控制的水平受到创新资金控制模式的限制,模式的合理有效有助于高新技术企业创新资金控制水平的提升,进而利于创新活动的进行,提升创新能力,实现企业的可持续发展。从生态特性的视角对高新技术企业创新资金控制进行研究,寻求一种与开放性的企业环境相适应的创新资金控制模式。在对自然生态系统学习研究的基础上,分析提出高新技术企业创新资金生态系统,提出协同进化性、动态平衡性以及循环性三个生态特性,对创新资金生态化控制的作用机理进行分析,并将生态特性嵌入到高新技术企业创新资金生态化控制模式中。此外,从收益性、流动性、安全性以及成长性四个维度对高新技术企业创新资金生态化控制效果进行影响因素分析,并构建高新技术企业创新资金生态化控制的效果评价指标体系。从环境保证机制、协同机制、信息反馈机制和激励约束机制等方面来保证创新资金生态化控制的顺利进行。最后选取121家生物制药企业进行创新资金生态化控制实证分析。本文的研究对于高新技术企业实现创新资金的有效控制,增强企业的核心竞争力具有重要的理论与现实意义。