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本研究主要采用分子生物学方法，对发生在新疆引起番茄巨芽病、莴苣黄化病、田旋花丛簇病三种植原体病害的病原进行了鉴定，结果如下：从田间采集到表现疑似感染植原体症状的番茄植株，感病植株叶片褪绿变小、扭曲并黄化，腋芽大量增生，花萼畸形成喇叭筒状，感病后全株不结果实。本研究旨在通过分子生物学方法鉴定新疆番茄巨芽病是植原体病害以及确定它的分类地位。对植原体16S rRNA基因，23S rRNA基因片段以及延生因子tuf基因进行PCR扩增，进行核苷酸序列同源性比较和系统发育进化树分析。利用植原体16S rRNA基因序列的通用引物扩增得到约1.5kb的片段，克隆测序后，通过核苷酸序列同源性比较、系统进化和虚拟电子酶切RFLP分析可知，番茄巨芽病植原体与三叶草丛簇植原体（Clover proliferation，16Sr VI组）16S rRNA基因的一致率达99.30%以上，其中与葫芦变叶病植原体（16Sr VI-A亚组）亲缘关系最近，一致率高达99.72%，在系统进化树中与该亚组成员聚类到同一个分枝。利用植原体的通用引物，通过PCR技术又分别从表现巨芽症状的番茄植株中扩增到了植原体的23S rRNA基因片段和延伸因子Tu（tuf）基因片段，对所得片段克隆、测序和序列分析结果表明，它们分别与三叶草丛簇植原体（Clover proliferation，16Sr VI-A组）茄子小叶病植原体（JQ409544）的23S rRNA基因、长春花变叶植原体（JQ824293）的tuf基因同源性最高，均与16Sr VI-A组成员位于同一分支上，说明株系TBB_ZYT-3与16Sr VI组（三叶草丛簇组）植原体在进化上亲缘关系较近。因此，与巨芽病相关的植原体属于16Sr VI组，且初步推断是16Sr VI-A亚组。对自然状态下叶片表现黄化症状的莴苣植株LSY_WJ-2利用植原体16S rRNA基因通用引物通过巢式PCR扩增，得到约l.2kb的片段，从分子水平证实了这种病害病原为植原体，并且利用特异引物扩增到了tuf基因序列，对扩增到的片段测序、核苷酸同源性比较和系统进化树分析，结果表明，该病害病原属于植原体榆树黄化组（CandidatusPhytoplasma ulmi)，16Sr V组，且初步确定是16Sr V-B亚组中的成员。从新疆石河子大学试验场采集到的叶片褪绿卷曲变小,枝节变长，植株明显表现丛簇症状的田旋花植株。利用针对植原体16S rRNA基因的通用引物进行巢式PCR扩增，得到l.3kb的目标片段，从分子水平证实了该病害病原为植原体。对扩增到的片段测序（GenBank No. KC414725），借助核苷酸同源性比对，系统进化树及虚拟电子酶切RFLP分析，结果表明，该病害病原属于植原体花生丛枝组（Peanut witches,broom），16Sr II组，与该组成员中的茄子巨芽（JX083377）植原体同源性最高，达到98％。本实验中报道的三种植原体病害在国内未见报道。