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传染性脾肾坏死病毒(Infectious spleen and kidney necrosis virus，ISKNV)属于虹彩病毒科(Iridoviridae)肿大细胞病毒属(Megalocytivirus)，是中国造成养殖鳜暴发性死亡的主要致病原。ISKNV内含基因组为111kb双链DNA，编码125个开放阅读框(open reading frames，ORFs)，其ORF大小为40至1208个氨基酸不等。迄今为止，对于ISKNV病毒粒子的蛋白组成还未知，故本文利用四种蛋白组学方法对ISKNV病毒粒子进行全面地分析：其中单向电泳(1-DE)分离以及MALDI-TOF/TOF MS/MS质谱鉴定，鉴定了15个高丰度病毒结构蛋白。双向电泳联合质谱分析，鉴定了16个病毒蛋白。另外，高通量的液相色谱鉴定了32个病毒蛋白，更灵敏的LTQ-Orbitrap鉴定了33个病毒蛋白。综上，本文共鉴定38个病毒粒子结构蛋白。基于以上质谱鉴定信息，将编码病毒蛋白的基因克隆、表达及抗体制备。32种抗体用于验证病毒粒子中结构蛋白的存在。去污剂Triton X-100用于分离完整病毒粒子成不同组份，可溶性的上清以及不可溶性的沉淀。可溶性的上清含有囊膜以及间层蛋白，不可溶性的沉淀则含有间层蛋白及核衣壳蛋白。利用上述32种抗体使用免疫印迹方法(Western blotting)对病毒已鉴定的结构蛋白进行分类和划分。通过免疫印迹分类的结果，ORFs056L和118L是新鉴定的囊膜蛋白，并通过免疫胶体金验证。本文通过四种蛋白组学方法分析与鉴定ISKNV病毒粒子的蛋白组成，对ISKNV蛋白组进行深入的研究。ISKNV蛋白组是当前唯一的肿大病毒属蛋白组的全面研究，为ISKNV以及其他肿大病毒属的相关研究提供重要的参考以及为将来的病毒功能研究奠定基础。
结构蛋白是当前病毒功能研究的热点，由于他们直接与宿主相互作用，在免疫反应及抗原识别起重要作用。然而，对于结构蛋白的免疫原性还不清楚。故对已鉴定的31个病毒蛋白免疫原性进行研究。首先，应用免疫蛋白组方法，即单向电泳与Western blot相结合，然后MALDI-TOF TOF MS/MS分析的方法，鉴定了ISKNV病毒蛋白中的6个免疫原性蛋白。它们分别是ORFs006L，054L，055L，101L，117L以及125L。随后系统地分析和划分31个病毒蛋白的免疫层次水平，并将它们划分为4个免疫层次水平。第一免疫层次为ORFs006L，007L，037L，054L，055L，081R，101L，117L，125L；第二免疫层次为ORFs012R，022L，033L，036R，044L，045L，056L，071L，076L，078R，095L；第三免疫层次为ORFs014R，038L，039R，041L，043L，063L，093L，100L；第四免疫层次为ORFs068L，109L，118L；此外，采用鳜鱼抗ISKNV血清IgM，免疫印迹分析发现血清IgM可以识别共22种病毒蛋白，分别为006L，007L，014R，022L，033L，036L，038L，039R，041L，043L，044L，054L，055L，063L，076L，095L，100L，101L，109L，117L，118L以及125L。中和实验表明鳜鱼抗ISKNV血清IgM以及兔抗ISKNV血清IgG具有抗体中和作用。这是首次关于病毒蛋白免疫原性以及感染病原的肿大病毒研究报道，将促进致病原的发现、病原诊断以及有效疫苗的筛选方面的发展。