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猪繁殖与呼吸综合征(PRRS)作为一种高度接触性传染病,其病毒高度的变异是猪繁殖与呼吸综合征免疫防控失败的主要制约因素。结构蛋白ORF5和非结构蛋白Nsp2基因是进行PRRSV分子流行病学研究和病毒遗传变异分析的靶基因,对研究蓝耳病毒的ORF5和Nsp2基因有着十分重要的意义。本研究对2012-2015年问送检的样品进行检测分析,通过对ORF5和Nsp2基因序列测定和分析,以及不同猪群中PRRSV抗体水平检测分析,进一步了解广西近年来PRRSV的流行趋势及变异情况,为该病的综合防控提供基础数据和理论依据。(1)本研究通过RT-PCR方法,对疑似感染PRRSV样品进行病原检查分析,共检测到91份阳性样品,阳性率为18.13%。对所获阳性样品进行PRRSV特异性片段扩增,获得18条Nsp2基因序列和48条ORF5基因序列。Nsp2基因序列分析结果显示：18个Nsp2基因与NCBI所收录的部分参考毒株相应核苷酸序列及其推导氨基酸同源性为51.9～99.1%和30.4～98.7%。所获Nsp2推导氨基酸与JXA1株的同源性最高。48个ORF5基因NCBI部分参考毒株相应核苷酸及推导氨基酸的同源性为61.8～99.7%和52.7-99.0%。以ORF5基因为主,结合Nsp2基因进行遗传进化分析,结果表明广西流行的PRRSV毒株分属于美洲型的2个亚群,主要是以JXA1为代表的Ⅳ亚群以及少数以HB-1(sh)/2002株为代表的Ⅲ亚群。氨基酸序列分些结果表明,所获得的18个Nsp2基因中有15个存在与JXA1株一样位置的30个不连续氨基酸的缺失。与VR-2332毒株相比,ORF5编码的GP5蛋白中出现大量氨基酸的突变,特别是在B细胞表位的中和抗原表位(PNE)、T细胞表位以及潜在糖基化位点。与广西过去10年NCBI所收录部分参考毒株(89株)相比,自2012年以来,氨基酸位点突变率明显提高,主要集中在氨基酸位点R151K(18/48,突变率37.5%)；E170Q(14/48,突变率29.17%)；V185A(48/48,突变率100%)；Q196R/L(33/48,突变率68.75%)。而与之相比,参考毒株89株中发生突变的氨基酸R151→K151(2/89,突变率为2.24%)；E170Q(9/89,突变率10.11%)；V185A(63/89,突变率70.78%)；Q196R/L(7/89,突变率7.86%)。推测这些位点的突变将是今后广西流行毒株突变的一个趋势。且这些突变导致的蛋白内在结构变化、糖基位点的缺失可能会影响中和抗体产生的速度与数量。结合进化树分析结果,亲缘关系与NCDA30毒株最近的三个毒株GXBS120815. GXYL130617. GXYL 130624氨基酸位点151、170、189、191、192等突变方向与NADC30株的突变方向一致,表明广西存在NADC30-like毒株流行,推测可能与NADC30株来源于同一株,且特定位点突变方向可以作为参考毒株是否与NCDA30毒株源于同一毒株的参考性指标。(2)为研究免疫压力下PRRSV免疫情况,对广西某地区2014-201 5年春秋两季在养殖场、散养户、屠宰场等采集的2228份血清进行PRRSV抗体及部分样品病原检测。依据猪群养殖规模及来源分类,本研究获得PRRSV抗体阳性样品为1698份,阳性率为76.21%,S/P值>2.5的比例占8.66%；规模种猪场及500头以上的规模养殖场,阳性率最高达92.5%,S/P值>2.5的最低比例为2.03%。散养户抗体合格率最低,阳性率为51-31-68.42%,免疫效果最差,S/P值>2.5的比例高达16.28%。研究表明某地区种猪场及中大型规模养殖场猪群比较稳定,免疫效果最好,而散养户猪群免疫效果最差且不稳定,存在野毒感染的风险。依据猪群年龄、性别、用途分类,采集2228份的血清进行PRRSV抗体,结果获得PRRSV抗体阳性样品为1648份,阳性率为73.97%,S/P值>2.5比例为8.59%。猪群公猪的免疫效果最好,阳性率83.33-94.44%,S/P值在1.38～1.44,S/P位>2.5最高比例2.32%。保育猪抗体阳性率为66.07-70.05%,S/P值>2.5比例最低为13.53%。数据分析表明种猪群处于最稳定状态,不同群体之间抗体水平参差不齐,整体猪群虽较为稳定,但野毒感染风险较大。分析不同疫苗厂家免疫PRRSV抗体情况表明,不同厂家疫苗免疫效果差异显著,2014～2015年政府采购疫苗抗体阳性率分别为71.81～82.32%,73.15～88.55%,总阳性率为79.27%。非政府采购疫苗抗体阳性率分别为79.22%～89.91%,83.11～91.60%,总阳性率为83.17%。2014～2015年弱毒疫苗抗体阳性率85.4%,87.23%,灭活苗抗体阳性率73.33%,76.68%,PRRS弱毒疫苗免疫效果要优于灭活疫苗。此外,对广西某地区送检的55份样品中,获得11条ORF5基因序列,序列同源性及遗传进化分析表明,11株均为美洲型毒株,与JXA1株同源性最高,提示某地区主要以JXA1株为代表的高致病性蓝耳病的Ⅳ亚群,及仅少数分布于HB-1(sh)/2002为代表的Ⅲ亚群在流行,与整个广西地区流行的PRRS趋势一致。