中国传统农村社会分散和农民组织化水平低的现实情况，无法适应市场经济和现代农业发展的需要。逐步提高农民的组织化水平，使其对农村政治、经济和社会文化产生积极影响，进而改变乡村治理的生态成为建设社会主义新农村实现乡村善治的重要一环。乡村治理以多元利益主体的共同参与为前提，是以维持乡村社会稳定、增进乡村公共利益、构建乡村秩序为目的的乡村公共权力运用过程。改革开放以来农村的市场化、社会化、货币化导致传统小农的社会化和组织化。以此作为研究视角，将农户、市场、社会和国家融为一体，是研究乡村治理的一个新的生长点。随着市场经济的发展，各类农民合作组织蓬勃发展，通过其经济利益联结机制，汇集了大批农户，成为乡村治理新兴主体。本文基于农民合作组织的视角，借助农业经济学、政治学和社会学等理论，在借鉴国内外关于农民合作组织和乡村治理研究的基础上，运用马克思主义农民合作理论、多中心治理理论等工具，对农民合作组织参与乡村治理进行探究。农民合作组织作为参与乡村治理的内生性主体，在治理基础、治理主体、治理方式及治理绩效等维度对乡村治理发挥着重要作用。通过探究农民合作组织参与乡村治理的理论机制、结构模式和发展趋势，提出了优化农民合作组织参与乡村治理路径的构想。