青藏高原地区气候恶劣多变,低氧、寒冷、高辐射等环境条件对动物生存产生了重要影响。中国黄牛品种资源丰富,是农牧民重要的生产、生活资料。西藏牛是西藏地区特有的品种,为西藏劳动人民提供肉、乳、皮等产品,具有体型小、耐低氧和寒冷、抗逆性强等特点,能很好的适应高原生态环境条件。本研究用高通量测序技术（RNA-seq）,以西藏牛和三江牛为研究对象,进行心脏组织mRNA、lncRNA、circRNA表达谱分析;以及对差异表达的mRNA、lncRNA靶基因、circRNA来源基因进行GO富集与KEGG通路注释;开展lncRNA-mRNA、circRNA-miRNA-mRNA的关联分析。主要研究结果如下:6个样品分别得到10.5～17.1 G原始reads,经过过滤后的高质量reads与黄牛参考基因组（ARS-UCD1.2）比对率均高于87.5%,取6个基因以GADPH为内参基因做荧光定量相对表达量检验,结果与转录组测序表达量变化趋势一致,判定转录组测序数据可靠。共获得lncRNA转录本7 254个,其中已知转录本2 860个,新转录本903个;lncRNA类型统计结果显示基因间区lncRNA所占数目最多。西藏牛与三江牛间共存在差异表达的lncRNA 4个。共得到mRNA转录本66 435个,其中已知转录本44 233个,新转录本7 957个;西藏牛与三江牛间共存在差异表达mRNA 608个;差异表达基因富集在50个GO功能条目中,富集差异表达基因数目较多的条目有细胞过程、结合、细胞、细胞部分等;KEGG富集分析得到显著富集的信号通路有8条,其中富集差异表达基因最多且富集最显著的是cGMP–PKG信号通路,显著上调的差异表达基因有AKT1、BAD和VASP、NFATC1等;MEF2D、ATP2B4等显著下调差异表达基因在cGMP-PKG信号通路中得到富集。LncRNA通过高原适应性相关差异表达基因,ARID1A、NAA50、ECE1、NAA50等在生物过程、结合、细胞、细胞部分等GO功能中发挥作用;lncRNA靶基因通过维生素B6、新陈代谢等信号通路来适应高原环境。得到circRNA 23 013个,长度分布在300～400 nt区间的circRNA数目最多;差异表达有circRNA 283个;差异表达circRNA来源基因富集在45个GO功能条目上;KEGG富集得到显著富集的信号通路14条,其中cGMP-PKG信号通路是与差异表达基因显著富集相同的通路。在circRNAs-miRNAs-mRNAs互作关系中,差异表达显著下调的circRNA,novel_circ₀18959通过miR-142-x、miR-144-y、miR-1908-x、等miRNA与ECE1、NFATC1、CAST、COX7C等高原适应性相关候选基因间发生互作关系。本研究首次通过RNA-seq技术对西藏牛与三江牛mRNA、lncRNA、circRNA表达谱进行分析,得到大量差异表达mRNA、lncRNA与circRNA,对其功能进行生物信息学分析,推测差异表达基因COX7C、CAST、NFATC1、ECE1是与高原适应性相关基因。cGMP-PKG-P38、肌动蛋白细胞骨架调节、粘着斑等、新陈代谢、维生素B6信号通路与高原适应性调控机制有关。这为今后进一步研究西藏牛、三江牛mRNA、lncRNA、circRNA及低氧适应性提供基础资料。