本世纪初美国暴露的世通、安然等会计丑闻事件,说明资本市场监管制度的失效严重削弱了上市公司财务报表的可信度,社会投资者渐渐意识到仅仅依靠上市公司披露由注册会计师审计的财务报表是远远不够的。在此背景下,内部控制作为一套保证财务报告真实完整性的机制,对其有效性进行审计尤为重要。2002年美国国会和政府颁布了SOX法案,首次提出要求上市公司必须聘请注册会计师对其管理层签字的内部控制自评报告进行审计,并对外披露内部控制审计报告。在借鉴SOX法案的基础上,2008年财政部等五部委发布的《企业内部控制基本规范》要求上市公司应当对本公司内部控制的有效性进行自我评价,披露年度自我评价报告。2011年财政部等五部委联合发布《企业内部控制配套指引》规定上市公司必须对外公布由独立董事和监事签字的内部控制自评报告,同时聘请注册会计师作为独立的第三方对企业的内部控制进行审计并出具内部控制审计报告。内部控制审计作为一项有偿服务,聘请注册会计师审计必须支付相应的内部控制审计费用,由于我国部分上市公司在相关信息中单独披露了内部控制审计费用,这为我国学者提供了研究内部控制审计的土壤。本文站在注册会计师的角度,研究内部控制缺陷的存在是否影响内部控制审计费用,内部控制缺陷的本质属性对内部控制审计费用的影响是否有所差别,以及内部控制缺陷的整改对内部控制审计费用的影响。首先,本文对国内外相关文献进行梳理,发现目前我国学者对内部控制审计费用的研究大多集中在其影响因素方面,而对内部控制缺陷与内部控制审计费用相关性研究还未涉及,这为本文留下了一个研究的机会。其次,本文在对其相关理论依据进行分析时,发现了其两者的共同的理论基础,理论上的推理为本文研究内部控制缺陷及其整改与内部控制审计费用相关关系奠定了基础。然后,本文实证部分选取2013和2014年市场竞争度比较高的制造业1111个样本为研究对象,回归结果表明内部控制缺陷与内部控制审计费用正相关;与一般内部控制缺陷相比,特定内部控制缺陷对内部控制审计费用的影响更大;内部控制缺陷得到整改后,内部控制审计费用降低。最后,为确保本文的研究结果可靠,本文对三个假设分别作了稳健性检验,检验得到结果一致。根据本文的研究结论,本文建议上市公司积极建立良好的内部控制制度,对内部控制存在的缺陷及时加以整改;注册会计师进行审计收费时不应简单依据所投入的成本,还应该根据审计风险收取风险溢价;监管部门可以借助于本文的研究结论以觉察内部控制缺陷对外披露所引起的市场反应,为构建合理的审计市场和制定符合国情的监管制度提供依据。