近年来,农村信用合作社改革发展工作取得了突出成就,在股权改革、不良资产消化、公司治理、经营机制和支农支小等各个方面取得瞩目成绩,一大批农村商业银行顺利挂牌开业。但是由于受各种因素影响,农村信用合作社稳健运营的内在基础还不稳固,内部控制存在诸多问题。下阶段,面对纷繁复杂的国内外金融形势,农村信用合作社改革发展遇到的困难更复杂,任务更艰巨。因此,应对新的形势与要求,为加快农村信用合作社改革发展,帮助农村商业银行建立现代内部控制体系,研究组建中的农村商业银行内部控制体系的构建十分必要。本文以改制中的衡阳农村商业银行为研究对象,立足合并中四家机构内部控制的具体实践情况,开展深入细致的实地调研,揭示其内部控制存在的诸多问题,如内部控制体系架构不清晰,下层员工参与感不强、内部控制体系无法全面覆盖银行业务,存在“真空地带”、内部控制体系停留在静态制度层面,尚未开展定期动态评估、内部控制监督部门权力受到制约,内部控制人员业务能力不强,导致内部控制监督执行不力等,主要归纳为内部控制环境不佳、风险识别与评估机制落后、内部控制措施凌乱与执行不力、信息交流与反馈渠道不畅和监督评价与纠正力量薄弱五大方面问题。针对存在的问题,从合并后的衡阳农村商业银行实际出发,参考中国银监会2014年颁布的《商业银行内部控制指引》,从原则目标、组织架构到工作流程、责任体系等方面提出了内部控制体系的设计理念,并以其特色的小额信贷业务为例,对该业务的内部控制流程和关键点进行了详细的阐述。最后,对合并后衡阳农村商业银行内部控制体系设计方案的实施建议从改善内部控制环境、完善内部控制制度、加强内部控制资源配给和强化内部监督审计四方面提供保障。本文通过对具有独立法人资质的农村商业银行开展内部控制体系构建的探索,区别与大中型银行的完整、全面的内部控制建设,设计适用于小型银行、农村金融机构的特色内部控制体系。针对目前较为流行的新设合并组建农村商业银行的模式,利用机构新成立优势,从宏观层面构建符合其业务规模、风险管理水平的内部控制体系,对小型银行、农村金融机构的内部控制体系建设是一个积极有益的探索,为今后成立的农村商业银行提供了借鉴。