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本研究以来自乌伊岭,干河,库都尔,嫩江,莫尔道嘎,阿尔山6个兴安落叶松基本群体的实验材料为研究对象,利用RAPD与SSR两种标记方法对兴安落叶松基本群体进行遗传多样性分析；利用RAPD标记方法结合表型性状研究兴安落叶松基本群体与育种群体的遗传关系,揭示群体的遗传结构与遗传多样性,为兴安落叶松种质资源的保存、利用提供指导意义,为基因资源多样性评价,育种战略的制定提供理论依据。主要研究结果如下：1)利用RAPD和SSR两种分子标记方法对6个兴安落叶松基本群体270个样本进行分析,表明兴安落叶松基本群体具有丰富的遗传多样性。31条RAPD引物共检测到244个位点,其中多态位点237个,多态位点百分率为97.13%。各群体多态位点百分比为86.48%-89.34%,平均值为87.98%,等位基因平均数为1.8798,等位变异标记数平均值为1.5482,shannon多样性指数平均值为0.4766；31对SSR特异位点上多态位点百分率达100%,共检测到64个等位基因,每个位点平均等位基因数(na*)为2.0645个,平均有效等位基因数(ne*)为1.9933,shannon多样性指数平均值为0.7016。2)两种标记方法均揭示基本群体的遗传变异主要存在于群体内,RAPD结果揭示有84.08%的遗传变异存在于群体内；SSR结果揭示有93.78%的遗传变异存在于群体内。3)6个群体的遗传一致度变化范围(RAPD:0.8577-0.9593,SSR：0.9056-0.9768)遗传距离变化范围(RAPD：0.0415-0.1534,SSR：0.0235-0.0992)。表明兴安落叶松各群体间遗传相似度较高,亲源关系较近。4)根据Nei’s遗传距离进行聚类分析,两种标记方法得到的结果相似,但有一定的差异,RAPD:在0.11的遗传距离上,将6个兴安落叶松群体分为三个类群,库都尔、莫尔道嘎、甘河原江为第Ⅰ类,阿尔山为第Ⅱ类；嫩江、乌伊岭为第Ⅲ类；SSR：在0.065的遗传距离上,将6个群体划分为3个类群,乌伊岭、库都尔和莫尔道嘎聚为第一类群,嫩江与甘河聚为第二类群,阿尔山为第三类群。两种标记方法研究均表明,基本群体的遗传距离和地理距离呈正相关,相关关系不显著。5)兴安落叶松基本群体与育种群体RAPD分析表明,基本群体较育种群体存在稍高的遗传多样性,比较得出基本群体在多态位点百分率平均值,等位基因平均数平均值,等位变异标记数平均值,Nei’s指数平均值,shannon指数平均值分别高出育种群体5.32%、4.51%、1.13%、4.94%、5.68%。两项研究都表明群体内变异是RAPD分子水平上遗传变异的主要成分。