本文首先研究了美国国家科学基金会(NSF)审计监督机制的组织和制度内涵，审计工作的特征。美国国家科学基金会的审计监督组织体系由国家审计、内部审计和社会审计三个层次构成，宏观审计与微观审计兼顾，也反映了强化公共受托经济责任，重视内部控制与内部审计，实施绩效导向的预算管理等先进的审计理念对其审计实践的指导。总监察长办公室行使综合内部审计职能，是NSF审计工作的主要承担机构，执行经常化、制度化的日常审计，定期公布审计公告，其审计工作具有审计法律依据充分，审计范围广泛，审计手段先进，审计处理严肃，审计报告公开的特点。本文作者还访谈了NSF总监察长等高级管理人员，对大量审计公报进行深入解读，分析了美国国家科学基金会的审计实践及其影响。　　 本文从国家审计体系的三个层次，比较研究了我国科研经费审计的组织基础和初步实践。借鉴美国的成功经验，提出我国应健全完善三个层次的监督主体，对不同审计主体提供法律制度保障和职责授权，保证其独立性和权威性，是审计发挥作用的根本前提。我国现阶段应该重点加强政府科技管理部门内部审计，充分利用社会审计的人才优势，以弥补国家审计机关审计力量不足的缺陷。本文也研究了构成我国审计内外环境的科研经费管理制度、财政预算制度、财政会计制度、政府信息公开制度等制度基础及其存在的问题和借鉴美国经验进行完善的途径。