本文从国家重大科技专项入手，简要分析了国家重大科技专项的性质，将国家重大科技专项归为政府以财政投入参与科技创新的一种形式。然后文章在国家立法、部门规章等层面对于财政性资金设立的科研项目的知识产权归属做了制度比较，归纳出我国现行制度是将财政性资金设立的科研成果的知识产权归属于项目承担单位，同时国家保留必要的介入权和直接实施的权利。在此基础上提出《国家重大科技专项知识产权管理暂行规定》中有关知识产权归属部分的规定是有待商榷的。文章通过梳理近六十年来美国、日本、欧洲等主要发达国家和地区的科技创新的历程和相关制度和政策的演进，总结出政府通过财政投入参与科技创新的意义，并提出尊重市场规律、科技创新规律与重视国家发挥以科技创新引导产业经济发展职能是国家以财政性投入支持科技创新的原则。本文从两个层面分析了国家重大科技专项中项目成果的归属：一方面，国家财政投入科技创新使得成果的知识产权性质有了重大改变，既有的私权属性以及投资收益同一化的原则不再适用；另一方面，知识产权制度对于国家重大科技专项的投资与利益分配有着不可缺少的杠杆作用。最后本文对于国家重大科技专项中的项目成果的知识产权归属中两个问题进行了分析，提出考虑到国家重大科技专项成果有其特殊性，其知识产权归属在“项目承担单位取得，国家保留介入权”的模式基础上，应适当加强国家干预介入的规定；对于子课题与协作开发形成的知识产权的归属，本文认为应当基于激励创新和激励市场的考量，将这部分成果的知识产权归属于项目承担单位，并赋予承担单位与项目参与单位就利益分配进行自由约定的权利。