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丛枝菌根(AMF)可以与陆地上百分之八十的植物形成共生体,是土壤中十分重要的一类功能微生物,但是对于施肥方式如何影响AMF的多样性和群落结构仍然尚未明确,所以研究清楚不同施肥制度对不同农田作物的AMF群落结构的影响对于现代的可持续发展的农业具有重要意义。本文主要采用了高通量测序技术,研究了在不同施肥制度下对东北地区的玉米作物以及江苏地区稻麦轮作系统中的小麦、水稻作物土壤中AMF群落结构的变化,并通过Mantel、RDA等多元数据统计分析方法,探究不同环境因子对土壤AMF群落结构变化的影响。其中在东北黑土上进行的玉米试验包括4个处理:NK(N 165 kg/ha,P205 0 kg/ha,K20 75kg/ha),NPK(N165kg/ha,P2O5 60kg/ha,K 75kg/ha),NPKM(有机氮替代20%无机氮,N素总量与NK和NPK—致),M(有机氮替100%无机氮);在江苏地区的稻麦轮作体系中采用了五个不同施氮水平处理而磷钾肥施用一致。其中小麦季五个不同施氮水平处理为:NO(N 0 kg/ha),N50(N 50 kg/ha),N100(N 100 kg/ha),N200(N200kg/ha)和N300(N300kg/h);而水稻季采用了超级稻(S)和镇稻(Z)两个品种,并设置5个施氮水平,施氮水平为:NO(N0kg/ha),N90(N90kg/ha),N180(N 180 kg/ha),N270(N 270 kg/ha),N360(N 360 kg/ha)。主要研究结果如下:东北黑土中不同施肥处理会对玉米根际AMF群落产生影响。但是不同施肥对于玉米根际AMF的α多样性影响不显著,对于玉米根际AMF的β多样性影响显著,玉米根际AMF的群落结构变化明显。其中对于玉米根际AMF影响最显著的因子是有机肥(r2=0.8608,p=0.002)的施用;氮肥(r2=0.6472,p=0.136)和磷肥(r2=0.4612,p=0.073)的施用,分别是对玉米根际AMF的结构的影响第二、第三的显著因子。有机肥的施用也显著影响了玉米根际土壤的脂溶性有机物质组成,有机物质的组成与玉米根际AMF群落结构具有一致性。有机肥的施用更多地活化了玉米根际AMF的物种,刺激更多的AMF物种参与根际活动,这也是改变玉米根际AMF群落结构的主要原因。在江苏农田生态系统小麦季的研究中,不同施氮水平会显著影响小麦AMF群落的结构,同时土壤速效钾(AK)(r2=0.567,p=0.003)以及土壤有机碳(MBC)(r2=0.5966,p=0.004)是影响小麦AMF群落结构变化的主要原因,而其他理化性质对于小麦AMF的群落结构影响并不显著。氮肥的施用量对于维持农田生态系统中的AMF多样性具有重要意义,不同施氮水平所造成的土壤化学性质及微生物性质的改变对于小麦AMF群落结构的形成以及分布具有重要影响。在水稻季的研究中,不同施氮水平会显著影响水稻土壤AMF群落的结构,但是不同水稻品种对于水稻土壤AMF的群落结构影响不显著。土壤有机质(SOC)(r2=0.5062,p=0.001),总氮(TN)(r2=0.3764,p=0.003),速效钾(AK)(r2=0.3315,p=0.009)和pH(r2=0.2875,p=0.014)是影响水稻AMF群落结构变化的主要原因,而速效磷(AP)对于水稻AMF的群落结构影响并不显著。通过结构方程模型发现,不同施氮水平会直接影响水稻土壤AMF的多样性和群落结构,而不同水稻品种只能先通过土壤理化性质,从而间接影响水稻土壤AMF的多样性和群落结构。总体来看,不论何种作物种植体系下,不同施肥制度对土壤中菌根真菌多样性存在影响,然而不同作物不同土壤中驱动菌根真菌群落变化的主要因子却有差异。但是随着氮素投入增多,AMF的多样性均是下降的,我们可以通过减少氮素的投入水平,以此来提高AMF这类功能微生物生态效益。