分子标记辅助选择与传统育种方法相结合是目前猪遗传改良工程所采取的主要方法之一,作为分子标记辅助选择的基础,寻找与重要经济性状相关的主效基因和分子标记是十分关键的。随着人、鼠、猪分子遗传图谱、QTL定位以及功能基因组研究的深入,我们利用已报道的与猪重要生产性状相关的QTL,在与之同源的人、鼠等染色体区域内选择与经济性状可能相关的候选基因也是一种切实可行的筛选新基因的方法。基于此,本研究的四个基因分为两部分,第一部分:MRLC2基因和PYGM基因,是由谢红涛博士以猪背最长肌为材料,利用抑制消减杂交技术构建了梅山猪及其杂交F1代梅大猪背最长肌间的正反向消减cDNA文库,进行了差异表达基因筛选得到的两个基因。第二部分:MEF2D和SRPK3基因,应用比较基因组学、生物信息学等方法分离得到的基因。并取得了以下结果:1.肌球蛋白轻链调控蛋白基因（Myosin Light Chain kinase,MRLC2）肌球蛋白轻链调控蛋白（MRLC2）基因是一种丝氨酸/苏氨酸激酶的底物,被有丝分裂因子活化蛋白激酶（MAPK）激活,其磷酸化在肌肉收缩中起关键作用,在非肌肉细胞的肌动蛋白（actin）纤维化中也起重要作用。扩增内含子1742bp的序列,通过序列比较发现有18个碱基突变和8个碱基的缺失,在178位点发现C/T突变。用Hin6I内切酶对170头2003年大白×梅山F₂代群体进行酶切分型,发现该位点与屠宰率（P＜0.01）呈极显著相关;大理石纹评分BF（P＜0.05）呈显著相关。2.糖原磷酸化酶基因（Glycogen Phosphorylase,Muscle form,PYGM）糖原合成与分解代谢的调节点是糖原合成酶和磷酸化酶,其活性决定不同途径的代谢速率,从而影响糖原代谢的方向。糖原合成酶和磷酸化酶的快速调节有共价修饰和变构调节两种方式。获得该基因得第7内含子,第8内含子,第9内含子。序列大小分别为:828bp、480bp和351bp。并在第7内含子附近的外显子上发现一个G/T突变,在第八内含子上发现一个A/G突变,分别用TaaI内切酶、MvaI内切酶分型。在外显子上的突变用TaaI内切酶对173头2004年大白×梅山F₂代群体进行酶切分型,发现与瘦肉率呈显著相关（P＜0.05）。对第8个内含子用的MvaI内切酶对163头2003年大白×梅山F₂代群体进行酶切分型,发现该位点与总皮重（P＜0.01）、总骨重（P＜0.01）和骨率（P＜0.01）呈极显著相关,与皮率（P＜0.05）呈显著相关。3.肌肉生长因子基因（Myocyte Enhancer Factor 2,MEF2D）生肌增强因子MEF2是结合在各种诱导型的生长因子和肌肉特异启动子的保守元件上,具有能与DNA结合的特异序列而被人们认识的,它是肌肉特异基因激活的重要转录因子。获得了该基因的5102bp的DNA序列,在靠进5′端发现一个G/A突变,用Bsp120I内切酶对172头2004年大白×梅山F₂代群体进行酶切分型,发现该位点与大理石纹评分呈显著相关LD（P＜0.05）,BF（P＜0.05）。4.猪丝氨酸/精氨酸特异蛋白激酶（Serine/arginine-Rich Protein specific Kinase 3,SRPK3）基因作为肌细胞增强因子（MEF2）调控的靶基因——SRPK3,被MEF2蛋白直接调控的特异表达;在猪的生产中,SRPK3基因的功能还没有被发现。采用电子克隆和RACE技术,克隆该基因cDNA全长序列,cDNA全长2011bp,ORF为1701bp,编码566个氨基酸,5’UTR长度为32bp,3’UTR长度为243bp。5.猪丝氨酸/精氨酸特异蛋白激酶（Serine/arginine-Rich Protein specific Kinase 3,SRPK3）基因的生物信息学分析利用Clustal X、ORF Finder、SignalP2.0、ANTHEPORT、PSORTⅡ、TMprep等软件对猪SRPK3基因结构、所编码的蛋白质结构、功能、系统进化等特征进行了预测和分析,并构建了分子系统进化树。6.利用半定量RT—PCR技术对猪丝氨酸/精氨酸特异蛋白激酶（Serine/arginine-RichProtein specific Kinase 3,SRPK3）基因进行了不同组织（肌肉、脂肪、心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、胃、小肠、子宫、卵巢和睾丸）间的表达分析,在肌肉和心脏中特异表达。