基本农田保护区的划定是近20多年来国家为落实耕地保护基本国策、强化优质耕地保存所采取的一项规划管制措施。实行严格的基本农田保护规划管制政策及措施,在保障国家粮食安全、促进优质农田保护及保障农民的基本权益等方面发挥显著的作用。然而,基本农田规划管制也在一定程度上限制管制区域内农地发展权利,给规划区域农民、集体经济组织等群体带来了机会及利益损失,抑制了农民、集体经济组织等主体参与农田保护的自主积极性和内在动力。因而,测度量化基本农田保护区规划管制对农民土地发展权带来的影响及损失,可为政府设计激励相容的基本农田补偿机制和移转制度,激励农民、集体经济组织等主体直接参与农田保护的积极性和动力,通过制度优化提高规划管制效率提供直接参考依据及政策建议。论文选择已经试点实施农田生态补偿及耕地保护基金等农田保护经济补偿政策的上海、苏州及成都,以及尚未实施农田保护经济补偿政策的武汉市为典型实证,比较东、中、西部不同类型地区基本农田规划管制下农民土地发展权受限程度及损失补偿。其中,东部地区主要以上海市闵行区及江苏省苏州市张家港市为典型,中部地区选择在武汉市江夏区、蔡甸区及黄陂区开展调研,西部地区在成都市双流县及崇州市进行调研,共回收农户有效调研样本703份,实地调研受访农户对基本农田规划管制下农地发展权受限程度的认知,测算出农户家庭土地发展权受限的机会损失额度及经济补偿受偿意愿,探究现行耕地保护经济补偿政策与受偿意愿的差距。研究结果表明:(1)在对规划管制及土地发展权受限的认知方面,典型地区受访农户对基本农田保护政策的认识水平仍偏低,成都市农民的认识水平明显高于上海、张家港及武汉地区农民;典型地区都存在一定程度的耕地破坏行为,在农田上发展林果业最频繁;略超五分之一的受访农户认为规划管制下土地发展权受限,受“限制发展林果业”影响的农户家庭数最多。(2)在规划管制下土地发展权受限机会损失方面,受访农户在无规划管制下将农地转换用途的可能性超过50%,东、中、西部地区发展权受限机会损失额度分别为135731.77元/(hm2?a)、50999.85元/(hm2?a)、29441.96元/(hm2?a),逐渐减小。(3)在规划管制下土地发展权受限补偿方面,近四分之一的受访农民认为在规划管制下需要补偿,建房、限制荒芜、挖塘养鱼分别成为东中西部地区受偿意愿最高的限制项目,东中西部地区农民在各种限制项目下最低受偿意愿平均值分别为19983.61元/(hm2?a)、8707.08元/(hm2?a)、15591.17元/(hm2?a)。(4)在基本农田保护补偿政策实施成效与农民补偿意愿的差距方面,实施补偿政策区域农户对农田生态补偿或耕地保护基金政策的满意程度一般,而未实施补偿政策区域农户期望参与补偿政策的意愿较高;农民对于补偿政策的账务公开情况满意度最低;东部地区农民受偿意愿是上海市闵行区农田生态补偿政策补偿额度的1.67倍,是苏州市张家港地区基本农田保护补偿额度的3.33倍,成都市农民受偿意愿是耕地保护基金补偿额度的2.60倍,部分受访农民希望提高补偿标准。最后,在研究结论基础上,提出提高农民在政策实施过程中的参与度;加强实地调研,耕地保护补偿机制需因地制宜;落实补偿政策,扩大补偿地域类型及范围;创设土(农)地发展权,协调相关主体利益的建议,为进一步完善耕地保护市场化补偿机制等政策建议。