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本试验测定了中国5个牦牛品种34个个体的线粒体D-loop全序列，长度为891bp～895bp，有55个变异位点，24种单倍型，核苷酸多样度和群体单倍型多样度分别为1.315％、0.9697。变异位点有转换、颠换、插入／缺失四种类型，其中转换的频率明显高于颠换。D-loop全序列每个位点突变率并不相同，在131～500bp、701～751bp间存在突变热点，为D-loop的两个高变区。牦牛D-loop碱基G+C(39％)含量小于A+T含量(61％)，表现出碱基的偏倚性。 牦牛各品种核苷酸分歧度Dxy为0.480％～2.106％，净遗传距离Da为-0.094％～0.809％，麦洼牦牛与其它牦牛群体的Dxy、Da值较高，牦牛单倍型间的平均距离为0.014。麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间有较高程度的遗传差异。九龙牦牛与其它牦牛间基因流较大(Nm=3.40～1.58)，麦洼牦牛和天祝牦牛、犏牛之间基因交流(Nm=0.46～0.52)的程度相当小，遗传漂变是它们之间遗传分化的主要因素。整个来说，我国牦牛多态性丰富，遗传分化明显。本试验的牦牛序列经Tajima′s D中性检验不显著(P＞0.10)，符合中性突变。 根据牦牛各品种线粒体D-loop的一致序列构建的NJ树，九龙牦牛和犏牛之间的遗传距离为0，因而聚在一支上，而麦洼牦牛和其它4个牦牛品种(类群)间的亲缘关系相对较远。用本试验中的牦牛单倍型和GenBank中序列结合起来构建的单倍型NJ树，所有序列分成4大支，即聚类簇Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ，本次研究的牦牛序列全部分散在聚类簇Ⅰ。从NJ树中可以看出牦牛和野牛亲缘关系较近，而和普通牛、瘤牛关系较远。根据聚类簇Ⅰ中牦牛的24种单倍型间的碱基差异构建的网络关系图可以看出，牦牛的单倍型明显分为两支，和单倍型的NJ树得出一致的结论，表明我国牦牛可能存在两个驯化地点。