“三农”问题是中国改革开放以来国家首要关注和迫切解决的问题,也是我国理论界和学术界关注和研究的重点和焦点问题。然而,我国农业上市公司的经营绩效并不理想,而公司的财务治理结构是否合理是影响经营绩效高低的重要因素之一,因此本文着重研究农业类上市公司财务治理结构与经营绩效的关系。本论文以公司治理理论、财务分层理论、权变管理理论和绩效评价理论等相关理论作指导,先在理论上分析了公司财务治理结构与经营绩效的相互关系,然后提出了财务治理结构的行为主体,在此基础上对上市公司财务治理结构指标体系、农业类上市公司经营绩效指标体系进行了构建。这些理论分析为实证研究奠定了有力的基础。本论文在实证方面,首先运用因子分析法对十四个衡量农业上市公司经营绩效的财务指标提取出五个相互独立的公共因子,在此基础上得出农业上市公司的综合经营绩效值F,其次运用描述分析简单分析了农业上市公司治理结构的九个指标与综合经营绩效F之间的关系,接着又运用多元回归方法进行深入的实证研究,研究结果表明,我国农业上市公司前5位大股东持股比例、高管持股比例、高管薪酬、董事会规模、监事规模、独立董事比例与经营绩效成微弱正相关：Z值、流通股比例独立董事比例与经营绩效负相关。最后从四个方面提出了改善财务治理结构的有效对策和建议：优化股权结构、完善董监会制度、建立有效的公司激励约束机制、改善上市公司治理结构的外部环境。