干种子中大豆花叶病毒(SMV)和菜豆普通花叶病毒(BCMV)的分子检测技术研究

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中国拥有丰富的农作物种质资源,已收集并入国家作物资源种质库长期保存种质35 万份,为长久和深入研究作物重要基因提供了丰富的物质基础。许多植物病毒能够侵染作物种子,并通过种子进行传播,当病毒随种子的入库保存进入到一个低温的环境中后可能在种子上长期存活,对保存种质的生活力、遗传完整性产生不利影响,同时数十年后带病毒种质在田间更新繁殖时会产生病害扩散问题,对未来农业生产造成潜在的威胁。为了掌握国家种质库保存种子携带病毒的现状,分析保存种质带毒对种质安全保存的影响,有必要开展库存种质带毒检测。本研究以大豆和菜豆种子中主要种传病毒大豆花叶病毒(SMV)、菜豆普通花叶病毒(BCMV)作为检测对象,在生物学测定和酶联免疫吸附测定(ELISA)的基础上,研究干种子中两种病毒的逆转录-聚合酶链式反应(RT-PCR)检测方法,以建立一套快速、灵敏、专化性强的直接以干种子作为检测对象的分子检测技术体系,主要结果如下: ⑴建立了从大豆和菜豆干种子中提取SMV、BCMV总RNA的有效方法。针对不同种子中特有的组成成分及其含量,采用不同的提取方法,对抽提缓冲液的组成及各组分的浓度进行优化,去除了杂质和PCR反应抑制物质;同时对一些步骤进行合并重组,缩短了提取时间,建立了从大豆和菜豆干种子中提取SMV、BCMV总RNA的快速、有效的方法。⑵构建了直接检测大豆和菜豆干种子中SMV、BCMV的特异性引物。根据已发表的SMV G2株系的核苷酸序列(GenBank,No. S42280)和BCMV NL1株系的核苷酸序列(GenBank,No. AY112735)设计了2对扩增外壳蛋白(CP)基因的特异性寡核苷酸引物,成功应用于大豆和菜豆干种子中SMV、BCMV的检测。⑶建立了直接以大豆和菜豆干种子为检测对象的快速、灵敏、专化性强的SMV、BCMV的RT-PCR检测技术体系。在提取了高质量总RNA的基础上,应用特异性引物,对两种病毒的RT-PCR反应条件进行优化,成功扩增出了与理论设计大小一致的核苷酸片段,无非特异性片段出现;为了进一步验证引物的特异性,将获得的目的片段进行克隆和序列同源性比较发现:所测得的SMV东北1号株系CP基因序列与其它SMV CP基因序列有着很高的同源性,最高可达98.17%;所测得的BCMV紫芸豆分离物CP基因序列与其它BCMV的CP基因序列同样有着很高的同源性,最高可达97.62%,进一步证明了所建立的检测方法的可靠性。在用RT-PCR方法进行检测的同时,与ELISA检测方法作比较,证明RT-PCR方法具有更高的灵敏度。
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