长牡蛎(Crassostrea gigas)是一种在我国乃至全世界范围内被广泛养殖的重要经济贝类,因为营养丰富,味道鲜美,素有“海中牛奶”的美称。我国的牡蛎养殖规模较大,市场需求居高不下,而长期的人工养殖容易导致牡蛎的种质衰退,造成长牡蛎的品质下降。因此,为了推动我国牡蛎养殖产业快速发展,满足市场的需求,培育抗逆性好、生长快、繁殖力高等优良特性的品种已是势在必行。本研究结合选择育种,利用分别已连续选育5代和6代的长牡蛎中国群体和日本群体进行完全双列杂交,研究了长牡蛎不同种群杂交的杂种优势并进行了微卫星分析,旨在为长牡蛎的杂交育种提供理论依据,主要结果如下：1.长牡蛎中国群体和日本群体杂交子代的杂种优势和配合力分析以长牡蛎中国群体(C)连续选育5代和日本群体(J)连续选育6代的个体作为亲本进行完全双列杂交,比较分析了幼虫期、稚贝期和养成期3个阶段各实验组生长与存活情况,研究了长牡蛎不同种群杂交的杂种优势,并进行了配合力分析。结果表明,幼虫期,杂交组生长与存活性状表现出微弱的杂种优势,而日本群体一般配合力(GCA)较高。自交组JJ(J♀×J(?))和反交组JC(J♀×C(?))表现出明显的生长优势,而自交组CC(C♀×C(?))和正交组CJ(C♀×(?))存活率较高,表明幼虫期存在显著的母性效应。其中正交组CJ存活率最高,杂种优势率为4.67%～40.30%。稚贝及养成期,杂交组各生长性状(壳高、壳长、壳宽和总重)表现出显著的杂种优势,总重的杂种优势率最高,为13.61%～21.71%。其中正交组CJ各生长性状的杂种优势率均表现为正值。从整个生长阶段来看,长牡蛎中国群体的母本一般配合力和日本群体的父本一般配合力在生长后期较高,而杂交组特殊配合力(SCA)总体表现为正效应,表明正交组CJ是最适的杂交组合,具有很大的生产潜力。2.长牡蛎微卫星标记的分离及特性从长牡蛎的EST序列和全基因组序列中总共开发了480个微卫星标记。这些标记位点等位基因数量为2-33个,观测杂合度和期望杂合度分别为0-1.0000和0.0655～0.9690。经过Bonferroni校正,共196个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,23对位点呈现连锁不平衡。这些位点为长牡蛎QTL定位以及遗传多样性评价提供了有用工具。3.长牡蛎群体微卫星遗传多样性及其与生长性状的相关性分析应用30个微卫星标记对长牡蛎中国群体(C)和日本群体(J)的完全双列杂交子代进行遗传多样性分析,并且分析了长牡蛎微卫星标记与生长性状的相关性。结果表明,4个群体中平均等位基因数量为7.4-10.8,平均观测杂合度和期望杂合度分别为0.5247-0.5742和0.7042-0.7520,平均多态信息含量为0.6572-0.7139,杂交后代与亲本自繁后代的遗传多样性并没有显著的差异性(P>0.05)。基于遗传距离构建的UPGMA系统树显示,反交群体(J♀×C(?),JC)与日本群体的亲缘关系较近,而正交群体(C♀×J(?), CJ)介于两亲本群体之间。采用最小二乘法分析微卫星位点与生长性状的相关性,发现6个位点在长牡蛎不同群体中与生长性状呈现相关性。不同基因型间的多重比较表明,CgGJ152位点BD基因型与壳长、壳宽性状呈正相关,而且等位基因C可能比等位基因D更有优势；CgEJ493位点的AC基因型、CgGJ222位点的DD基因型、CgGJ246位点的等位基因E与长牡蛎的生长性状呈正相关；而CgEJ041位点的CC基因型、CgEJ538位点的AB基因型、CgGJ222位点的BE基因型与长牡蛎的生长性状呈负相关,这些标记可望应用于长牡蛎的分子标记辅助选择育种。4.基于微卫星标记的长牡蛎杂合度与适合度相关性分析杂合度与适合度相关性(Heterozygosity-fitness correlation, HFC)的研究常被用来检测个体的遗传多样性与适合度间的关联性。本研究以长牡蛎完全双列杂交群体为实验对象,在1龄的4个长牡蛎杂交群体中应用30个微卫星位点分析个体的多位点杂合度(Multilocus heterozygosity, MLH)、单位点杂合度(Single-locus heterozygosity, SLH)与生长性状的相关性。研究结果表明,长牡蛎个体的MLH与壳宽、体重具有正相关性；而SLH与壳高、壳长呈正相关。由于群体分层以及多个群体的混合数据会影响HFC的检测,因此,采用群体生长性状值的离差再次分析HFC,结果没有发现杂合度与适合度有任何相关性。这说明在进行HFC研究时应该慎重对不同的群体进行混合。而长牡蛎样本个体的年龄、样本大小和使用的微卫星标记的数量等都可能会影响HFC的检测。