高新技术的发展推动着经济的增长，技术创新能力是衡量国家竞争力的重要标志。同时，高新技术企业的快速发展引起世界各国的广泛关注。在学术界，如何客观、科学、全面的评价高新技术企业的绩效也成为讨论的热门话题。迄今为止，国内外学者进行了很多关于绩效评价方面的研究，并取得丰硕的成果，为高新技术企业的发展指明了方向。高新技术企业与传统企业相比，其具有高技术、高收益、高成长性、高风险特点。仅用财务指标评价高新技术企业的绩效存在诸多缺陷，不能合理的评价高新技术企业，而平衡计分卡和EVA作为评价企业绩效日益成熟的工具，在一定程度上能够适应高新技术企业绩效评价的要求。本文共分为四个部分。首先，介绍研究背景及意义、研究目标和方法；其次，对国内外企业绩效评价及高新技术企业绩效评价的相关研究进行文献梳理；再次，在借鉴国内外学者成果的基础上，构建高新技术企业绩效评价体系。该体系以平衡计分卡理论为支撑，并引入EVA思想，将EVA指标作为一项重要的财务层面指标；最后，基于内蒙古地区高新技术企业现状，选取71家高新技术企业的相关数据，在此基础上对内蒙古高新技术企业绩效进行实证分析。在实证分析过程中，采用因子分析法对样本进行财务绩效评价，并采用层次分析法对样本进行综合绩效评价。通过对内蒙古高新技术企业进行实证分析，得出内蒙古地区的高新技术企业绩效水平一般，经营较好的企业比较注重营运能力和成长能力。内蒙古高新技术企业的优势在于研发管理水平和科技成果转化能力较高，劣势在于研发过程水平和自主创新能力较低。另外，在新材料技术领域、生物与医药技术领域较强，这两个领域的盈利能力、偿债能力较强，研究开发管理水平较高。内蒙古高新技术企业在资源与环境技术领域最差，这个领域的营运能力、盈利能力、自主创新能力较弱，研究开发费用投入强度不足，顾客层面指标、政企合作指数不高。