2000年我国在中央预算单位和基层分别开始国库集中支付试点工作。历经十余年的推进和演化,目前我国所有县级及以上的行政事业单位基本实现了国库集中支付。从此以后,政府会计便和国库集中支付制度紧密联系在一起。然而,在政府会计的研究领域,鲜有学者考虑到国库集中支付制度这一现实情况。更没有学者从基层政府会计的实践出发研究国库集中支付制度下政府会计的运行情况。本文以案例分析为研究方法,从JS县实际情况出发研究了国库集中支付制度下政府会计运行的情况。首先,分析JS县国库集中支付制度的情况,主要包括了国库集中支付的范围、支付类型和业务流程等;其次,阐述了纳入国库集中支付的JS县行政事业单位内部财务制度设置和会计人员情况,即JS县政府会计的运行环境;最后,分析了 JS县国库集中支付下政府会计日常核算中“权责发生制”思想的体现,着重分析了 JS县政府会计对固定资产和无形资产的“双分录”核算的实践情况。案例研究发现,JS县国库集中支付制度下政府会计运行主要存在以下四个方面的问题。一是JS县国库集中支付以直接支付为主,影响了支付效率,而且层层审核导致职责界定不明。二是纳入JS县国库集中支付的预算单位内部控制和财务机构建设有待加强,相关会计人员面临青黄不接的窘境而且其业务水平高低不一。三是政府会计信息有待整合,不同的政府会计业务利用不同的软件处理使得政府会计信息缺乏统筹性和全局性。四是当前的政府会计核算缺少“权责发生制”为基础的日常核算,使得资产和负债的会计信息无法准确反映。通过对JS县的案例研究,本文得出政府会计在国库集中支付背景下运行的改进建议。首先,提高授权支付的比重,进一步优化日常国库集中支付流程,引入动态监控系统代替部分人工审核,采用电子化审核方式减少纸质会计凭证的传递,明确财政部门和预算单位间的职责界限,全面提升政府会计的运行效率:其次,为了营造良好的运行环境必须完善预算单位的内部控制,合理设置会计机构,加强对内部控制建设的督查,配备和提升行政事业单位的财务人员;再次,不断协同政府会计的核算软件,从而统筹和整合政府会计信息,将信息“孤岛”连接成信息“大陆”;最后,在日常核算中引入“权责发生制”的核算思想,明确固定资产和无形资产的折旧或摊销的年限以及方式方法,客观反映资产的耗费情况。