高校内部会计控制是高校为了保证国有资产的安全完整、确保会计工作质量而有意识设置的一系列相互联系、相互制约的制度、方法等组成的有效管理体系。在我国，由于高校内部会计控制制度不完善而造成的教学科研经费使用不当，国有资产流失，不法分子贪污腐败等问题还比较严重。通过对高校内部会计控制现状进行分析可以看出，高校不是缺少内部会计控制文件和规定，而是缺少具体实施内部会计控制的方法、措施和对策。关键问题是如何建立一套科学、严密、可操作性强、行之有效的内部会计控制系统。目前，高校所设置的内部会计控制系统由于缺乏科学的理论基础和切实可行的控制措施，其本身存在一定的缺陷和不足，最终导致无法取得预期的控制效果，还需对其不断地加以改进和完善。为此，本文针对当前高校内部会计控制实施过程中存在的问题，对高校内部会计控制实施情况进行了较深入地研究，旨在按照高校内部会计控制重点内容设计一套比较科学、严密的高校内部会计控制系统模式，保证高校会计工作质量，促进高校的改革和发展。 本文通过借鉴国内外内部控制的理论和实践，同时依据我国内部会计控制法规及高校财务制度对高校内部会计控制进行了系统的理论分析，尤其对高校内部会计控制的特点进行了剖析，为设计一个比较严密、完善的高校内部会计控制系统奠定了理论基础。在此基础上，利用案例法对我国高校内部会计控制现状进行了深入分析，找出其存在的问题，明确了加强和完善高校内部会计控制的必要性。接着，从高校内部会计控制现状和特点出发，根据目前高校内部会计控制的重点内容和薄弱环节具体设计了货币资金会计控制系统、实物资产会计控制系统、筹资与投资会计控制系统和工程项目会计控制系统等。最后，指出了高校内部会计控制本身固有的缺陷及实施高校内部会计控制应注意的几个问题。