新型农村合作医疗制度是农村社会保障体系的重要组成部份，它给广大农民带来了真正的实惠，发挥了可喜的社会效益。从多个维度分析和研究新型农村合作医疗制度的运行情况，有助于发现制度存在的问题进而找出解决办法，确保其长期处于良性运行轨道。本文通过对遂宁市1000名农民及卫生局干部、新农合管理机构工作人员的问卷调查及研究分析，深入发掘影响新农合持续健康运行的深层次原因，为新农合制度的进一步完善作参考。在本文研究过程中主要采用了文献研究法、实证研究法、问卷调查法、归纳总结法，将定性分析法和定量分析法进行了有效的结合。全文共分五个部份，研究背景与研究意义，研究设计（研究方法）介绍，研究结果的分析讨论，对策、建议，结论。第一部分，对新农合的制度内容及特点进行了介绍，对课题研究的背景与意义进行了说明，同时简要介绍了文章的研究内容及主要创新点。第二部分，对于课题的研究设计进行了介绍，主要包含有课题调查的目的、样本的选取、问卷设计等内容。第三部分，对于调查结果进行归纳并进行分析和讨论。首先对于遂宁市新型农村合作医疗制度运行基本情况调查结果、该制度的建立与发展、实施情况及绩效评估情况进行了介绍。第二、提出遂宁市新型农村合作医疗制度运行中存在的问题并进行原因分析，主要是：财政投入不足且未统筹考虑；宣传动员工作有待进一步加强；基金筹集机制缺失；地方利益保护；新机构的设置不科学；政策脱离实际与医疗机构的逐利；基本医保制度管理部门分立；新农合立法滞后等。第四部份，对于课题研究提出对策、建议。主要是：不断加强基层医疗卫生服务体系建设；双管齐下、加强宣传力度；建立多元化的筹资机制；简化报销手续、提高服务质量；转变政府职能，在管理模式中引入商业保险；加强政府监督与管理，提高基金社会效益；积极配合医保统管划归人社部门；加快立法步伐、强化行政监管、构建无缝隙监管体系。第五部份，结论