经济的持续发展离不开技术创新,国家科技水平的提高依靠科研能力的提升,R&D投入对推动创新能力具有重要影响。地区发展的差异产生于地区发展过程之中,缩小区域差异,有利于实现经济的协调发展。从区域对比角度研究R&D投入与技术创新绩效的关系,有利于确定科学合理的研发投入强度,实现社会稳定,提升综合国力,促进区域协调发展并推动经济发展。首先,文章回顾了R&D投入、技术创新绩效的国内外研究文献及区域差异理论;其次,将全国各省份分为东部、中部、西部三大地区,选取2008-2017年数据作为样本,运用Theil指数分析法,借助Matlab软件,分析了R&D投入及技术创新绩效的区域总差异、区域间差异、区域内差异及各地区差异;再次,通过分类方式将R&D投入归类并构建面板数据,运用Stata软件,研究了R&D投入与技术创新绩效的关系;最后,提出了合理化建议。实证分析结果表明:R&D投入的区域差异与技术创新绩效的区域差异都呈现出随年份的变化逐步缩小并趋于平稳的发展趋势,R&D投入区域内差异是区域总差异的主要影响因素,技术创新绩效区域间差异是区域总差异的主要影响因素。技术创新绩效的地区内差异与R&D投入的地区内差异变动趋势基本吻合。在R&D投入与技术创新绩效关系研究中,基础研究和试验发展R&D人员投入量显著正向影响技术创新绩效,试验发展R&D人员投入量对技术创新绩效的影响最大;政府资金和企业资金的投入量显著正向影响技术创新绩效,并且企业资金对技术创新绩效的影响最大。基础研究和试验发展R&D资金投入显著正向影响技术创新绩效,试验发展R&D资金投入对技术创新绩效的影响大于基础研究对技术创新绩效的影响,各地区R&D投入对技术创新绩效的影响程度不同。在实证研究的基础上,分别从缩小区域差异、提高R&D人员投入质量、优化R&D资金投入结构、强化政府引导并发挥企业作用等方面提出合理建议,希望能够对区域创新能力的增强提供帮助,实现区域创新与经济增长协同发展,提高经济发展质量和水平。